Margaret n’a pas eu autant de chance. Son mariage avec Angus ne fut pas bien accueilli par les autres nobles écossais, dont certains étaient jaloux de ce qu’ils percevaient comme son accession au pouvoir, et la faction des nobles qui soutenaient la longue histoire de bonnes relations de L’Écosse avec la France voulait que Margaret soit remplacée par John Stewart, Duc d’Albany., Albany était le cousin de Jacques IV, son propre père Alexander Stewart ayant été fils de Jacques II et frère de Jacques III, et si les fils de Jacques IV mouraient, il était l’héritier légitime du trône écossais.

Albany avait passé toute sa vie en France et les nobles écossais avaient voulu qu’il retourne en Écosse et dirige l’armée du pays avant même le deuxième mariage de Margaret., Albany arriva en 1515 et Margaret fut forcée de céder sa régence et ses deux fils; elle dut avoir peur pour leur sécurité lorsque ses propres oncles, les Princes de la Tour, disparurent sous la garde de Richard III. Albany, cependant, traitait Margaret avec beaucoup de respect et ne semblait pas avoir d’intérêt à usurper le trône.

malgré tout, encouragée par son frère, Margaret prit la décision de fuir L’Écosse à l’été 1515. Elle et Angus se réfugièrent chez Lord Dacre, gardien anglais des Marches où, en octobre, elle donna naissance à leur fille, Margaret Douglas., Ce n’est que lorsqu’elle s’est remise de l’épreuve de la naissance qu’elle s’est dirigée vers le Sud pour Londres et la Cour de son frère tandis Qu’Angus est retourné en Écosse.

Margaret est restée en Angleterre pendant un peu plus d’un an jusqu’à ce Qu’Albany revienne en France pour voir sa famille, et des dispositions ont été prises pour qu’elle revienne. En tant que sœur D’Henri, elle était la candidate idéale pour travailler en faveur de l’Angleterre à partir d’une position de pouvoir considérable en Écosse., Malheureusement, son fils cadet, Alexander, était mort pendant son absence, mais les seigneurs écossais ont convenu qu’elle devait avoir autant d’accès à James qu’elle le souhaitait ainsi que ses droits de dot.

bien qu’elle ait dû être heureuse de retrouver son fils, son bonheur conjugal ne devait pas durer quand elle est retournée en Écosse pour découvrir Qu’Angus vivait avec une autre femme et utilisait L’argent de Margaret pour la garder. Elle a refusé de vivre à nouveau avec son mari et a demandé le divorce ou l’annulation., Ironiquement, Henry était scandalisé que sa sœur pense à mettre fin à son mariage – d’autant plus Qu’Angus avait lui-même des vues pro – Angleterre-et soutenait son beau-frère plutôt qu’elle.

quand Albany retourna en Écosse en 1521, Margaret et lui développèrent une relation de travail si forte que certaines personnes crurent qu’ils avaient une liaison., Albany envoya Angus en France, et Henry craignait que sa sœur soutienne l’influence de la France en Écosse sur celle de l’Angleterre, mais en 1523, Angus s’enfuit de France à la cour anglaise où il servit loyalement les intérêts D’Henri en Écosse jusqu’à la mort du roi en 1547.

Les Seigneurs écossais qui s’opposaient à la régence D’Albany étaient satisfaits lorsque Jacques fut déclaré roi à part entière à 12 ans, plutôt que 14 comme c’était habituellement le cas en Écosse à cette époque, de gouverner avec les conseils de sa mère et sous la supervision d’un groupe tournant de seigneurs écossais – dont Angus., Albany retourna heureusement en France, laissant Margaret traiter avec son mari qui l’exaspérait quand il refusa de passer la supervision du roi au prochain Seigneur et James fut essentiellement retenu captif par son beau-père pendant trois ans.

Albany continua cependant à soutenir Margaret au sujet D’Angus, car pendant la captivité de James, Albany présenta le cas de Margaret en annulation à Rome. À la grande joie de Margaret, L’annulation a été accordée, ce qui était pour le mieux étant donné qu’elle vivait déjà avec L’homme qui allait devenir son troisième mari, Henry Stewart, 1er Lord Methven., Malgré la désapprobation de James, ils se sont rapidement mariés lorsque l’annulation a été annoncée, et résidaient à Stirling lorsque le 16 ans James a réussi à échapper aux griffes D’Angus et s’y est enfui. Angus et la sœur de James, Margaret Douglas, ont été bannis et sont allés en Angleterre, après quoi Margaret n’a jamais revu sa fille.