Le test de Coagulase est la méthode la plus fiable La production de Coagulase peut être détectée à l’aide du test de coagulase à glissière (SCT) ou du test de coagulase à tube (TCT)., Slide coagulase détecte la coagulase liée (également appelée « facteur d’agglutination ») , qui réagit directement avec le fibrinogène dans le plasma, provoquant une agglutination cellulaire rapide. Les isolats négatifs après SCT nécessitent une confirmation avec le TCT supérieur, car les souches déficientes en facteur d’agglutination produisent généralement une coagulase libre. La coagulase tubulaire détecte la coagulase libre extracellulaire sécrétée qui réagit avec une substance dans le plasma appelée » facteur de réaction à la Coagulase  » (CRF) pour former un complexe, qui à son tour réagit avec le fibrinogène pour former de la fibrine (le caillot) ., Des souches de staphylocoques animaux à coagulase positive ont été isolées de spécimens cliniques humains, mais certains isolats de staphylocoques animaux fermentent également le mannitol . Cette étude a évalué les performances des TCT, de la DNase et de la MSA, les méthodes phénotypiques couramment utilisées dans l’identification de Staphylococcus aureus.

détection de Staphylococcus aureus avec les tests phénotypiques disponibles

PCR-amplification du gène nuc, qui a été utilisé comme test de base, a détecté 32 Staphylococcus aureus des 60 isolats de staphylocoques, voir tableau 2., Parmi les 32 isolats de Staphylococcus aureus positifs au nuc, le MSA a détecté le plus grand nombre d’isolats (30 sur 32, 94%) tandis que le TCT (plasma humain et ovin respectivement) a détecté 29 et 27 des 32 isolats (91% et 84% respectivement), tableau 2. La DNase a détecté le moins grand nombre d’isolats (24 sur 32, 75%).

neuf des 32 isolats de Staphylococcus aureus positifs au nuc (28%) étaient négatifs à la coagulase, ce qui implique que certains isolats peuvent être mal identifiés par le TCT comme un seul test. Le Staphylococcus aureus négatif à la coagulase peut probablement être des isolats de SARM qui réagissent faiblement ou négativement avec les TCT , ou de rares souches de Staphylococcus aureus qui sont déclarées négatives à la coagulase . Deux isolats de Staphylococcus aureus (6%) étaient également négatifs au MSA., Shittu et al ont également rapporté mannitol négatif Staphylococcus aureus qui était résistant à la méthicilline . De plus, huit des 32 isolats de Staphylococcus aureus positifs au nuc étaient négatifs à la DNase (25%). Rao et al ont rapporté Staphylococcus aureus négatif à la DNase, mais sans explication de ces résultats . Six staphylocoques autres que les isolats de Staphylococcus aureus confirmés par le nuc ont produit des colonies jaunes sur le MSA, et des résultats similaires ont été rapportés par d’autres chercheurs . Une autre découverte rare dans cette étude était un isolat positif à la DNase mais négatif à la MSA et négatif à la coagulase du tube (c.-à-d., non-Staphylococcus aureus). Nous supposons que cet isolat pourrait être Staphylococcus schleiferi subsp. coagulans, qui selon la méthode Standard nationale est également positif à la DNase .

les tests phénotypiques simples sont inefficaces pour l’identification de Staphylococcus aureus

Nous avons utilisé la sensibilité et la spécificité pour évaluer la performance de tests individuels dans la détection de Staphylococcus aureus., La croissance sur MSA était la plus sensible (sensibilité de 94%), suivie par le TCT (plasma humain et ovin, sensibilité de 91% et 81% respectivement) tandis que le test DNase était le moins sensible (sensibilité de 75%). À l’inverse, le test de la DNase était le plus spécifique (spécificité de 96%) suivi du MSA (spécificité de 79%), tandis que le TCT (plasma humain et plasma de mouton) était le moins spécifique (11% et 7%, respectivement), tableau 3. Dans l’ensemble, parmi les tests individuels étudiés, la croissance sur MSA a été la meilleure pour identifier Staphylococcus aureus (sensibilité de 94% et spécificité de 79%)., Nos résultats diffèrent légèrement de ceux de Han et al, qui ont rapporté une sensibilité et une spécificité de 76,5% et 99,6%, respectivement, pour MSA . D’Souza et al, ont également signalé une sensibilité de 71%, un peu inférieure à la nôtre . La sensibilité élevée du MSA dans la détection de Staphylococcus aureus pourrait être due à sa capacité à isoler le Staphylococcus aureus pathogène, en différenciant les staphylocoques négatifs à la coagulase des staphylocoques positifs à la coagulase.,

pour la coagulase tubulaire, le plasma humain était plus sensible que le plasma ovin (91% contre 81% de sensibilité), ce qui implique que l’utilisation de plasma de moutons avec TCTS peut détecter plus d’isolats faux négatifs. Ainsi, dans ce contexte, il est peu probable que le plasma ovin remplace le plasma humain pour les TCT de routine., Nos données sont en accord avec les résultats précédents dans lesquels une sensibilité de 94 à 100% a été signalée par d’autres chercheurs . Cependant, dans cette étude, la sensibilité au plasma humain et au plasma ovin était plus élevée que ce qui a été rapporté dans d’autres milieux, où des valeurs aussi faibles que 54,5% (plasma humain) et 45,5% (plasma ovin) ont été rapportées . Par conséquent, avec les tests de coagulase, la performance du plasma varie avec le réglage et le choix du plasma peut influencer l’efficacité du test. En outre, l’utilisation D’EDTA ou de citrate comme anticoagulant influence la performance du test., Il convient de noter que le citrate n’affecte que les réactions de coagulase des entérocoques lorsqu’il est utilisé , mais n’affecte pas les organismes producteurs de coagulase tels que Staphylococcus aureus.

La DNase test a une sensibilité de 75% et une spécificité de 96%, ce qui est comparable à d’autres études dans lesquelles une sensibilité de 75% et une spécificité de 100% ont été rapportées . Dans cette étude, le test de la DNase était le plus spécifique de tous les tests et avait le moins d’isolats faux positifs (il n’y avait qu’un seul faux positif)., Cela était en accord avec d’autres rapports, dans lesquels le test de la DNase a été déclaré supérieur au TCT . La croissance sur MSA était également très spécifique (spécificité de 79%), tandis que le test le moins spécifique était la coagulase du tube (plasma humain et ovin, spécificité de 11% et 7%, respectivement).

en revanche, d’autres études ont rapporté une spécificité élevée (93,6%) pour le plasma humain et ovin avec TCTs ., La faible spécificité de notre étude peut être due en partie à la détection non spécifique d’autres staphylocoques positifs à la coagulase, tels que Staphylococcus schleiferi sous-espèces coagulans, Staphylococcus delphini, Staphylococcus intermedius et Staphylococcus hyicu S. Staphylococcus delphini et Staphylococcus intermedius sont des isolats cliniques rares tandis que Staphylococcus hyicu s est indéterminé (avec une prévalence allant de 11% à 89%). La prévalence de ces isolats peut être élevée dans certains milieux., Bien que la MSA et la DNase aient eu des spécificités et des sensibilités élevées, en tant que tests individuels, leur utilisation dans l’identification de routine de Staphylococcus aureus est réduite par leur capacité à détecter d’autres isolats bactériens , et sont principalement utilisées lors des tests initiaux . En effet, des contre positifs au sel de Mannitol (Staphylococcus caprae, S. hemolyticus et S. saprophyticus) ont été rapportés au Nigeria et au Japon ., Ainsi, dans certains contextes, s’ils sont utilisés individuellement pour identifier Staphylococcus aureus, les tests phénotypiques communs peuvent être insuffisants; certains isolats seront mal identifiés, soit comme Staphylococcus aureus ou CoNS.

une combinaison de MSA et de DNase améliore le test de coagulase en tube

Nous avons ensuite évalué la sensibilité et la spécificité des combinaisons de test (c.-À-D. MSA/DNase/TCT) à la détection de Staphylococcus aureus, dans le but d’améliorer les performances du TCT., Nous avons atteint une spécificité absolue (100%) dans la détection de Staphylococcus aureus avec des combinaisons de test, à l’exception de la combinaison DNase/MSA (spécificité de 92%). Inversement, la sensibilité des combinaisons de tests variait, le MSA / DNase/TCT (plasma humain) étant le plus sensible (sensibilité de 75%), tandis que le MSA/DNase / TCT (plasma de moutons) était le moins sensible (sensibilité de 25%), tableau 3.

Une combinaison de MSA/DNase a entraîné une spécificité et une sensibilité de 92% et 96%, respectivement, et ce serait la combinaison de choix pour l’identification de Staphylococcus aureus., Cependant, puisque les deux tests ne sont pas spécifiques à Staphylococcus aureus et peuvent détecter d’autres isolats bactériens, la double combinaison ne peut être utilisée que pour améliorer le TCT. Bien que d’autres combinaisons de test-MSA/DNase/TCT (plasma humain) et MSA / TCT (plasma humain) avaient une spécificité de 100%, elles avaient une sensibilité variable (75% et 33%, respectivement). Dans cette lignée, une combinaison de MSA/DNase/TCT (plasma humain) permet mieux d’identifier Staphylococcus aureus (spécificité à 100%, sensibilité à 75%) que la combinaison MSA / TCT (plasma humain) (spécificité à 100%, sensibilité à 33%)., De même, les combinaisons DNase/TCT (plasma de moutons) et MSA/TCT (plasma de moutons) et MSA/DNase/TCT (plasma de moutons) avaient une spécificité absolue (100%) mais avec une sensibilité variable (50%, 25% et 67%, respectivement).

ainsi, l’efficacité de la coagulase de tube peut être améliorée par l’essai simultané qui inclut DNase et MSA. Pour une sensibilité et une spécificité plus élevées, l’identification de la suite de Staphylococcus aureus peut commencer par la MSA, la DNase, puis le TCT. Il convient de noter que l’amélioration de la spécificité du TCT n’a pas modifié de manière significative la sensibilité élevée initialement observée., L’utilisation de MSA avant TCTs / DNase est fortement recommandée en raison du facteur d’agglutination négatif et des staphylocoques positifs de coagulase de tube qui sont de plus en plus récupérés des infections humaines. Ces isolats produisent également une DNase stable à la chaleur et peuvent être identifiés à tort comme Staphylococcus aureus. Cependant, ces souches peuvent être différenciées de Staphylococcus aureus par leur incapacité à produire de l’acide à partir du maltose, du lactose et du mannitol. De plus, de rares souches de Staphylococcus aureus peuvent être négatives pour la coagulase, mais des isolats animaux (s. intermidius, S. hyicus, S. delphini et S. schleiferi subsp., coagulanes) peuvent être tube coagulase positive ; la différenciation de ceux-ci nécessite également la croissance sur MSA.

valeurs prédictives

la croissance sur MSA avait la valeur prédictive négative (VAN) la plus élevée suivie de la DNase, tandis que la coagulase du tube avait la VAN la plus faible (qui ne correspondait pas à la sensibilité élevée initialement observée, voir tableau 3). Inversement, les combinaisons de tests ont donné une Van absolue (100%) à l’exception de la DNase/MSA (van de 92%), tableau 3., Les Van élevées des combinaisons d’essai, en particulier celles impliquant le TCT, révèlent que les combinaisons d’essai peuvent être utilisées de manière fiable dans l’identification de routine de Staphylococcus aureus. La DNase avait la valeur prédictive positive (PPV) la plus élevée, suivie de la MSA (96% et 83%, respectivement). À l’inverse, la coagulase tubulaire seule a entraîné une Vpp moyenne (54% et 50%), Voir tableau 3. Fait intéressant, les combinaisons de tests ont donné lieu à des PPV élevés, ceux impliquant la DNase ayant les PPV les plus élevés (95%), voir tableau 3., Ainsi, comme pour les VAN, la spécificité du TCT peut être améliorée par une identification simultanée des isolats avec DNase et MSA.

Par conséquent, l’identification idéale des isolats cliniques de Staphylococcus aureus nécessite une batterie de tests. Les infections à Staphylococcus aureus sont plus fréquentes que celles causées par d’autres bactéries, en particulier dans les milieux où la prévalence du VIH/sida est élevée . Cela justifie une identification correcte des isolats pour obtenir de meilleurs résultats de traitement., Étant donné que des options pour améliorer la sensibilité et la spécificité sont présentées, ces données amélioreront l’identification de l’aureus staphylococcique dans les échantillons cliniques.

recommandations

Pour l’identification systématique de Staphylococcus aureus à partir d’échantillons cliniques, nous recommandons l’utilisation simultanée des trois tests (en commençant par la croissance sur MSA, DNase et coagulase tubulaire) dans des milieux où les plasmas de lapin ou de cheval ne sont pas facilement disponibles., Le dépistage des plasmas d’autres espèces (telles que le lapin, la chèvre, le porc et le bovin), qui peut être moins cher et plus sûr, et qui est plus efficace que le plasma humain avec TCTs, est recommandé. En outre, le génotypage des isolats staphylococciques cliniques est recommandé pour spécialiser les isolats CoNS et pour déterminer la prévalence de Staphylococcus aureus rare et d’isolats animaux chez les spécimens humains en Ouganda.