Det var under 1871 Samlingen av Tyskland som den nylig enhetlig tyske Riket ble første gang tildelt en offisiell hovedstad. Siden Berlin ble hovedstad i Preussen, den ledende staten i det nye Riket, det ble hovedstad i Tyskland også. Berlin hadde vært hovedstad i Preussen og dens forgjenger, Brandenburg, siden 1518. Berlin forble hovedstaden i de forente Tyskland frem til 1945. Imidlertid, for en periode på et par måneder etter den Første Verdenskrig, nasjonalforsamlingen møttes i Weimar fordi borgerkrigen ble herjet der Berlin., Etter fangst av Berlin i 1945, Flensburg kort fungerte som hovedstad. Tyskland da var okkupert av de Allierte som utfallet av andre Verdenskrig, og Berlin sluttet å være hovedstaden i en suveren tysk stat.

I 1949, med suverenitet gjenvunnet landet delt opp i Vest-Tyskland og Øst-Tyskland. Berlin ble også delt inn i Vest-Berlin og Øst-Berlin. Opprinnelig, Frankfurt var å være den foreløpige hovedstaden i Vest-Tyskland. Imidlertid, Vest-tyske myndigheter har til hensikt å gjøre Berlin hovedstad hvis Tyskland noensinne var forent., De fryktet at siden Frankfurt var en større by i sin egen rett, som den til slutt ville bli akseptert som en fast kapital og svekke Vest-tysk støtte til gjenforeningen. Dette er grunnen til at kapitalen var plassert i mindre universitetet byen Bonn som en mer åpenbart midlertidig løsning. En annen faktor var at Bonn ligger nær Köln, hjembyen til Vest-Tysklands første kansler, Konrad Adenauer. Øst-Tyskland hevdet Øst-Berlin som sin hovedstad, selv om Berlin som helhet fortsatt var lovlig okkupert område, og vil forbli slik for 45 år.,

I 1990, med gjenforeningen av Tyskland, Berlin var også forent og ble hovedstad i den utvidede forbundsrepublikken Tyskland. Det var noen debatt, men på om setet for regjeringen bør flytte til Berlin. Mange mente at Bonn bør fortsatt være sete for regjeringen – en situasjon analogt til at i Nederland, der Amsterdam er hovedstaden, men Den Haag er sete for regjeringen. I 1991, etter en følelsesladet debatt, Forbundsdagen stemte for å flytte sete for regjeringen til Berlin med 1999.,

Selv om Berlin er offisielt hovedstaden i den Føderale Republikken Tyskland, 8,000 ut av 18.000 totalt tjenestemenn ansatt i det føderale byråkratiet fortsatt arbeid i Bonn, 596 km (375 km) unna Berlin.