oppfinnelsen av mikroskopet kan spores tilbake til det 14. Århundre, til den italienske kunsten å slipe linser for briller. Denne teknologien ble deretter tatt opp av den nederlandske objektiv kverner Hans og Zacharias Janssen i 1590 for å gjøre den første mikroskop ved å plassere to linser i en tube. I 1675 Anton van Leeuwenhoek brukt et enkelt mikroskop med bare én linse for å se på blodet i fine detaljer, og ble den første personen til å beskrive celler – de røde blodcellene som frakter oksygen rundt i kroppen.,

gjennom århundrene, mikroskoper har vært vesentlig for utviklingen av immunologisk forskning, men kanskje den mest formative øyeblikk kom i 1878 da Paul Ehrlich, en ung forsker fra Strehlen (nå Strzelin) i Preussen (nå Polen), som er beskrevet i sin doktoravhandling oppdagelsen av en ny bestanddel av blod som han kalles mastceller. Han fant at granulert protoplasmaen av hva som ble antatt å være ganske enkelt plasma celler som kan gjøres synlig under et mikroskop ved å legge til et alkalisk fargestoff.,

Han trodde disse granulert cellene var et tegn på god ernæring, derfor han kalte dem etter det tyske ordet for et dyr-fetende mate kalt Mast. I faktum, med hjelp av hans mikroskop, Ehrlich hadde oppdaget en nøkkel celle-type som hører til menneskets immunsystem, den første av mange. Mastceller er nå kjent for å frigjøre histamin og andre stoffer under inflammatorisk og allergiske reaksjoner.,

Ehrlich interesse i mikroskop fargestoffer som kan differentially flekken vev også førte ham til å bli den første personen til å skille mellom lymfocytter og leucocytes, de to viktigste gruppene av hvite blodlegemer – vital spillere i immunforsvaret. Han gikk videre til å gjennomføre mange flere banebrytende funn i immunologi, slik som hans forsøk på immunising mus mot giftstoffer, spesielt giften ricin, og ideen om en «magic bullet» som er basert på spesifikke antistoffer for å målrette spesifikke sykdommer., Hans arbeid førte til en nobelprisen i 1908 i anerkjennelse av hans arbeid på immunologi og i hans aksept foredrag han har erkjent betydningen av mikroskop i forståelsen av livet.

Men, merkelig nok, tenkte han i en alder av mikroskop hadde nådd sitt høydepunkt. «Jeg er tilbøyelig til å tro at grensen av hva mikroskopet kan og har gjort for oss er nå nærmer seg, og som for en ytterligere utbredelse i viktig,-som gjelder problemet med celle livet selv den mest svært raffinerte optiske hjelpemidler vil være til ingen nytte for oss,» sa han.,

Han var ikke til å vite at ytterligere fremskritt i merkingen, for eksempel immunfluorescens, og i mikroskopiske teknologi, som elektron mikroskop og skanning-tunnelling mikroskop, var å kaste ytterligere lys over det komplekse arbeidet i immunsystemet.