la Inquisición en su apogeo
El Gran Inquisidor actuó como jefe de la Inquisición en España. La jurisdicción eclesiástica que había recibido del Vaticano le facultaba para nombrar diputados y oír apelaciones. Para resolver las apelaciones, el Gran Inquisidor estaba asistido por un consejo de cinco miembros y por consultores. Todos esos cargos fueron ocupados por acuerdo entre el gobierno y el Gran Inquisidor., El consejo, especialmente después de su reorganización durante el reinado de Felipe II (1556-98), puso el control efectivo de la institución cada vez más en manos del poder civil. Después del papado de Clemente VII (1523-34), los sacerdotes y los obispos eran a veces juzgados por la Inquisición. En el procedimiento de la Inquisición española era muy similar a la Inquisición medieval. El primer gran inquisidor en España fue el dominico Tomás de Torquemada; su nombre se convirtió en sinónimo de la brutalidad y el fanatismo asociados con la Inquisición., Torquemada utilizó la tortura y la confiscación para aterrorizar a sus víctimas, y sus métodos fueron el producto de una época en que el procedimiento judicial era cruel por diseño. La sentencia de los acusados tuvo lugar en el auto-da-fe (en portugués: «acto de fe»), una elaborada expresión pública del poder de la Inquisición. Los condenados fueron presentados ante una gran multitud que a menudo incluía a la realeza, y los procedimientos tuvieron una calidad ritualizada, casi festiva., El número de quemas en la hoguera durante el mandato de Torquemada fue exagerado por los críticos protestantes de la Inquisición, pero generalmente se estima que fueron alrededor de 2.000.
a instancias de Torquemada, Fernando e Isabel emitieron un edicto el 31 de marzo de 1492, dando a los judíos españoles la opción del exilio o el bautismo; como resultado, más de 160.000 judíos fueron expulsados de España. Francisco, Cardenal Jiménez de Cisneros, promovió la represión de los musulmanes con el mismo celo que Torquemada había dirigido a los judíos. En 1502 ordenó la proscripción del Islam en Granada, El último de los reinos musulmanes en España en caer a la Reconquista. La persecución de los musulmanes se aceleró en 1507 cuando Jiménez fue nombrado Gran Inquisidor., Los musulmanes de Valencia y Aragón fueron sometidos a una conversión forzada en 1526, y el Islam fue posteriormente prohibido en España. La Inquisición entonces dedicó su atención a los Moriscos, musulmanes españoles que previamente habían aceptado el bautismo. Las expresiones de la cultura Morisco fueron prohibidas por Felipe II en 1566, y en tres años, la persecución de la Inquisición dio paso a una guerra abierta entre los Moriscos y la corona española. Los Moriscos fueron expulsados de Granada en 1571, y para 1614 unos 300.000 habían sido expulsados de España por completo.,
Cuando la Reforma comenzó a penetrar en España, los relativamente pocos españoles Protestantes fueron eliminados por la Inquisición. Los extranjeros sospechosos de promover la fe protestante dentro de España tuvieron fines igualmente violentos., Habiendo purgado en gran medida al país de judíos y musulmanes, así como de muchos antiguos miembros de esas religiones que se habían convertido al cristianismo, la Inquisición española dirigió su atención a prominentes Católicos Romanos. San Ignacio de Loyola fue arrestado dos veces por sospecha de herejía, y el arzobispo de Toledo, el dominico Bartolomé de Carranza, fue encarcelado durante casi 17 años., Los grupos nominalmente cristianos que divergieron de la ortodoxia de la Inquisición, como los seguidores del movimiento Místico iluminado y los adherentes del Erasmianismo (un sistema de creencias Cristiano espiritualizado influenciado por las enseñanzas del humanista Desiderio Erasmo), fueron sometidos a una intensa persecución a lo largo del siglo XVI y en el siglo XVII.