Németország 1871-es egyesítése során az újonnan egységes német Birodalmat először hivatalos fővároshoz rendelték. Mivel Berlin volt Poroszország fővárosa, az új birodalom vezető állama, Németország fővárosa is lett. Berlin 1518 óta Poroszország fővárosa és elődje, Brandenburg. Berlin 1945-ig maradt az Egyesült Németország fővárosa. Az első világháborút követő néhány hónapon keresztül azonban a Nemzetgyűlés Weimarban ülésezett, mert a polgárháború pusztította Berlint., Berlin 1945-ös elfoglalása után Flensburg röviden fővárosként szolgált. Németországot ezután a szövetségesek foglalták el a második világháború kimenetele miatt, Berlin pedig megszűnt egy szuverén német állam fővárosa.
1949-ben szuverenitásával visszanyerte az országot Nyugat-Németországra és Kelet-Németországra. Berlin is megosztott volt, Nyugat-Berlinre és Kelet-Berlinre. Eredetileg Frankfurt volt Nyugat-Németország ideiglenes fővárosa. A nyugat-német hatóságok azonban Berlinet kívánták fővárossá tenni, ha Németország valaha újraegyesülne., Attól tartottak, hogy mivel Frankfurt önálló nagyváros, végül állandó fővárosként fogadják el, és gyengítik az újraegyesítés nyugat-német támogatását. Emiatt a főváros a kisebb egyetemi városban, Bonnban volt, mint nyilvánvalóan ideiglenes megoldás. Egy másik tényező az volt, hogy Bonn közel van Kölnhez, Nyugat-Németország első kancellárjának szülővárosához, Konrad Adenauerhez. Kelet-Németország azt állította, hogy Kelet-Berlin a fővárosa, annak ellenére, hogy Berlin egésze még mindig jogilag elfoglalt terület, és így marad 45 évek.,
1990-ben Németország újraegyesítésével Berlin is újraegyesült, és a megnagyobbodott Német Szövetségi Köztársaság fővárosa lett. Volt azonban némi vita arról, hogy a kormányülésnek Berlinbe kellene-e költöznie. Sokan úgy vélték, hogy Bonn maradjon a kormány székhelye-ez a helyzet hasonló a Hollandiához, ahol Amszterdam a főváros, de Hága a kormány székhelye. 1991-ben, egy érzelmi vita után, a Bundestag megszavazta, hogy 1999-re Berlinbe helyezze a kormány székhelyét.,
bár Berlin hivatalosan a Németországi Szövetségi Köztársaság fővárosa, a szövetségi bürokráciában foglalkoztatott 18 000 tisztviselő közül 8 000 még mindig Bonnban dolgozik, 596 km-re (375 mérföld) Berlintől.