– Se oli vasta vuoden 1871 Saksan Yhdistymisen, että vasta yhtenäinen saksan Keisarikunta oli ensin osoitettu virallinen pääkaupunki. Koska Berliini oli Preussin pääkaupunki, uuden valtakunnan johtava valtio, siitä tuli myös Saksan pääkaupunki. Berliini oli ollut Preussin ja sen edeltäjän Brandenburgin pääkaupunki vuodesta 1518. Berliini pysyi yhdistyneen Saksan pääkaupunkina vuoteen 1945 saakka. Kansalliskokous kokoontui kuitenkin muutaman kuukauden ajan ensimmäisen maailmansodan jälkeen Weimarissa, koska sisällissota runteli Berliiniä., Berliinin valtauksen jälkeen vuonna 1945 Flensburg toimi lyhyen aikaa pääkaupunkina. Liittoutuneet miehittivät Saksan toisen maailmansodan seurauksena, ja Berliini lakkasi olemasta itsenäisen Saksan valtion pääkaupunki.

Vuonna 1949, jossa suvereniteetin takaisin maan jaettu Länsi-Saksa ja Itä-Saksa. Myös Berliini jaettiin Länsi-Berliiniin ja Itä-Berliiniin. Alun perin Frankfurtin piti olla Länsi-Saksan väliaikainen pääkaupunki. Länsi-Saksan viranomaiset aikoivat kuitenkin tehdä Berliinistä pääkaupungin, jos Saksa joskus yhdistyisi., He pelkäsivät, että koska Frankfurt oli itsessään merkittävä kaupunki, se lopulta hyväksyttäisiin pysyväksi pääkaupungiksi ja heikennettäisiin Länsi-Saksan tukea yhdistymiselle. Tästä syystä pääkaupunki sijaitsi Bonnin pienemmässä yliopistokaupungissa ilmeisempänä väliaikaisena ratkaisuna. Toinen tekijä oli se, että Bonn on lähellä Kölniä, Länsi-Saksan ensimmäisen liittokanslerin Konrad Adenauerin kotikaupunkia. Itä-Saksa vaati Itä-Berliiniä pääkaupungikseen, vaikka koko Berliini oli edelleen laillisesti miehitettyä aluetta ja pysyisi sellaisena 45 vuotta.,

Vuonna 1990 Saksan yhdistymisen, Berliini oli myös yhdistettyä ja tuli pääkaupunki laajentunut Saksan liittotasavalta. Jonkin verran keskusteltiin kuitenkin siitä, pitäisikö hallituspaikan siirtyä Berliiniin. Monet uskoivat, että Bonn olisi pysyttävä hallintokeskus – tilanne on analoginen Alankomaissa, missä Amsterdam on pääkaupunki, mutta Haag on hallintokeskus. Vuonna 1991 liittopäivät äänesti tunteikkaan keskustelun jälkeen hallituspaikan siirtämisestä Berliiniin vuoteen 1999 mennessä.,

Vaikka Berliini on virallisesti pääkaupunki Saksan Liittotasavallan, 8000 18000 yhteensä virkamiehiä, jotka työskentelevät liittovaltion byrokratia toimivat edelleen Bonnissa, 596 km (375 km) päässä Berliinistä.