Das St. Barnabas Hospital, ursprünglich bekannt als die Heimat der Unheilbaren, wurde 1866 von Reverend Washington Rodman von der Grace Episcopal Church in West Farms, Bronx, gegründet. Das Krankenhaus wurde das erste Krankenhaus für chronische Krankheiten und war in einem bescheidenen Rahmenhaus untergebracht und konnte 33 Patienten versorgen. Das Krankenhaus zog 1874 an seinen heutigen Standort an der Third Avenue um, wo es bis 1911 300 Betten aufnehmen konnte., Unterstützung für das gemeinnützige Krankenhaus kam von der New York Society, darunter Cornelius Vanderbilt (der im Vorstand des Krankenhauses saß), John Jacob Astor, Theodore Roosevelt und Frederick Law Olmsted. Zwischen 1926 und 1931 fügte das Krankenhaus dem Krankenhaus drei neue Gebäude hinzu und 1947 änderte es seinen Namen in St Barnabas Hospital. 1969 brach St Barnabas den Grundstein für einen sechsstöckigen Westflügel mit 188 Betten, einer Cafeteria und einer Küche. Das Pflegeheim St. Barnabas wurde 1972 gegründet und befindet sich auf dem Campus des Krankenhauses in der 2175 Quarry Rd.

1983, Dr., Ronald Gade wurde vom Leiter der Radiologie zum Präsidenten des Krankenhauses befördert und arbeitete daran, das Krankenhaus in seiner Patientenversorgung effizienter zu machen. Er reduzierte die Personalgröße, entmutigte lange Krankenhausaufenthalte und erhöhte das Einkommen von Medicaid aufgrund von Verbesserungen erheblich. Seine Implementierungen in St. Barnabas forderten das medizinische Establishment heraus, indem es eine Managed-Care-Revolution in der amerikanischen Medizin schuf. In den späten 1990er Jahren gewann das Krankenhaus zwei Stadtverträge im Wert von fast 450 Millionen US-Dollar, von denen einer Ärzte für das Lincoln Hospital in der South Bronx und der andere für die Versorgung von Gefangenen auf Rikers Island versorgte., In den 1990er Jahren erhielt das Krankenhaus die staatliche Bezeichnung als Traumazentrum der Stufe 2 und schuf ein AIDS-Zentrum und ein Schlaganfallzentrum.

Das Krankenhaus ist ein wichtiger klinischer Lehr-Standort der New York College of Osteopathic Medicine. Im Jahr 2016 wurde das Krankenhaus auch eine Tochtergesellschaft der CUNY School of Medicine, um unterrepräsentierte Minderheiten in die Medizin zu rekrutieren, die medizinische Versorgung in unterversorgten Gemeinden zu erhöhen und die Zahl der Hausärzte zu erhöhen.