Die Inquisition auf ihrem Höhepunkt
Der Großinquisitor fungierte als Leiter der Inquisition in Spanien. Die kirchliche Gerichtsbarkeit, die er vom Vatikan erhalten hatte, ermächtigte ihn, Abgeordnete zu benennen und Berufungen zu hören. Bei der Entscheidung von Berufungen wurde der Großinquisitor von einem fünfköpfigen Rat und von Beratern unterstützt. Alle diese Ämter wurden im Einvernehmen zwischen der Regierung und dem Großinquisitor besetzt., Der Rat, insbesondere nach seiner Reorganisation während der Regierungszeit Philipps II. (1556-98), legte die wirksame Kontrolle der Institution immer mehr in die Hände der Zivilmacht. (1523-34) wurden Priester und Bischöfe zeitweise von der Inquisition beurteilt. In Spanien war die spanische Inquisition ähnlich wie die mittelalterliche Inquisition. Der erste Großinquisitor in Spanien war der Dominikaner Tomás de Torquemada; Sein Name wurde zum Synonym für die Brutalität und den Fanatismus, die mit der Inquisition verbunden waren., Torquemada benutzte Folter und Beschlagnahme, um seine Opfer zu terrorisieren, und seine Methoden waren das Produkt einer Zeit, in der das Gerichtsverfahren von vornherein grausam war. Die Verurteilung des Angeklagten erfolgte im auto-da-fé (portugiesisch: „Akt des Glaubens“), einem aufwendigen öffentlichen Ausdruck der Macht der Inquisition. Die Verurteilten wurden vor einer großen Menge präsentiert, die oft Könige umfasste, und das Verfahren hatte eine rituelle, fast festliche Qualität., Während Torquemadas Amtszeit wurde die Zahl der Inquisitionsbrände auf dem Scheiterhaufen von protestantischen Kritikern übertrieben, aber es wird allgemein auf etwa 2.000 geschätzt.
Auf Drängen von Torquemada erließen Ferdinand und Isabella am 31.März 1492 ein Edikt, das den spanischen Juden die Wahl zwischen Exil oder Taufe gab; infolgedessen wurden mehr als 160.000 Juden aus Spanien vertrieben. Francisco, Kardinal Jiménez de Cisneros, förderte die Unterdrückung der Muslime mit dem gleichen Eifer, den Torquemada auf Juden gerichtet hatte. Im Jahr 1502 befahl er die Abschreibung des Islam in Granada, dem letzten der muslimischen Königreiche in Spanien, der Reconquista. Die Verfolgung der Muslime beschleunigte sich 1507, als Jiménez zum Großinquisitor ernannt wurde., Muslime in Valencia und Aragon wurden 1526 einer erzwungenen Bekehrung unterzogen, und der Islam wurde später in Spanien verboten. Die Inquisition widmete ihre Aufmerksamkeit dann den Moriscos, spanischen Muslimen, die zuvor die Taufe angenommen hatten. Wurde 1566 verboten, und innerhalb von drei Jahren wich die Verfolgung durch die Inquisition dem offenen Krieg zwischen den Moriscos und der spanischen Krone. Die Moriscos wurden 1571 aus Granada vertrieben, und 1614 waren rund 300.000 vollständig aus Spanien vertrieben worden.,
Als die Reformation in Spanien einzudringen begann, wurden die relativ wenigen spanischen Protestanten von der Inquisition eliminiert. Ausländer, die verdächtigt werden, protestantische Glaubensrichtungen in Spanien zu fördern, stießen auf ähnlich gewalttätige Ziele., Nachdem die spanische Inquisition das Land weitgehend von Juden und Muslimen sowie vielen ehemaligen Mitgliedern jener Glaubensrichtungen gereinigt hatte, die zum Christentum konvertiert waren, richtete sie ihre Aufmerksamkeit auf prominente Katholiken. Der heilige Ignatius von Loyola wurde zweimal wegen des Verdachts der Häresie verhaftet, und der Erzbischof von Toledo, der Dominikaner Bartolomé de Carranza, wurde für fast 17 Jahre inhaftiert., Nominell christliche Gruppen, die von der Orthodoxie der Inquisition abweichten, wie die Anhänger der mystischen Alumbrado-Bewegung und Anhänger des Erasmianismus (ein spiritualisiertes christliches Glaubenssystem, das von den Lehren des Humanisten Desiderius Erasmus beeinflusst wurde), wurden im 16.und 17.