Der Sohn eines Kaufmann Schneider, er war ein Schützling des Juristen Sir Edward Coke und wurde in Cambridge ausgebildet. 1630 überließ er seinen Posten als Kaplan Sir William Masham, der ihn mit politisch aktiven Puritanern wie Oliver Cromwell und Thomas Hooker in Kontakt gebracht hatte, um seine damals völlig nonkonformistischen religiösen Ideale in Neuengland zu verfolgen.

Als Williams 1631 in Boston ankam, weigerte er sich, sich den anglikanischen Puritanern anzuschließen, und zog im folgenden Jahr in die separatistische Plymouth Colony., Im Jahr 1633 war er nach einer Meinungsverschiedenheit mit Plymouth zurück in Salem, in der er darauf bestand, dass das Patent des Königs ungültig war und dass nur der direkte Kauf von den Indianern dem Land einen gerechten Titel verlieh.

Williams wurde 1634 von der Kirche in Salem eingeladen, Pastor zu werden, und wurde von den Zivilbehörden wegen seiner gefährlichen Ansichten aus Massachusetts Bay verbannt: Neben denen über Landrechte hielt er fest, dass Richter kein Recht hatten, sich in Religionsfragen einzumischen., Im Januar 1636 machte sich Williams auf den Weg nach Narragansett Bay und gründete im Frühjahr auf Land, das er von den Narragansett-Indianern kaufte, die Stadt Providence und die Kolonie Rhode Island. Die Vorsehung wurde zu einem Zufluchtsort für Täufer, Quäker und andere, deren Überzeugungen der öffentliche Ausdruck verweigert wurde. Williams war kurzzeitig ein Apotheker, erklärte sich aber 1639 zum Sucher. Er blieb ein standhafter Gläubiger in der calvinistischen Theologie., Williams ging 1643 nach England, um eine Charter für Rhode Island zu erhalten, und 1651-54 erneut, um sie bestätigen zu lassen, während dieses Besuchs wurde er ein Freund des Dichters John Milton. Er war der erste Präsident von Rhode Island unter seiner Charta und hatte bis zu seinem Tod immer ein öffentliches Amt inne. Er war von ständigem Dienst an Rhode Island und benachbarten Kolonien als Friedensstifter mit den Narragansett Indianer, deren Sprache er kannte und deren Vertrauen er verdient hatte, obwohl er half, Rhode Island gegen sie während König Philipps Krieg zu verteidigen (1675-76)., Von 1636 bis zu seinem Tod unterstützte er sich durch Landwirtschaft und Handel.

Williams war ein heftiger kontroverser und produktiver Schriftsteller. Sein größtes Werk war der Bloody Tenent of Persecution (1644).