Karriere als Erzieherin
Nach dem Abschluss des Moody Bible Institute wollte Mary Missionar in Afrika werden. Ihr wurde jedoch gesagt, dass Afroamerikaner keine solchen Positionen einnehmen durften. Sie wurde Lehrer an der presbyterianischen Missionsschule in Mayesville 1896 und später am Haines Institute in Augusta, Georgia, 1896 und 1897., Als sie 1897 und 1898 am Kindell Institute in Sumpter, South Carolina, arbeitete, lernte sie Albertus Bethune kennen, mit dem sie später heiratete und mit dem sie einen Sohn hatte. Ihre Hingabe an die Erziehung afroamerikanischer Kinder verursachte jedoch Probleme mit der Ehe, und das Paar trennte sich schließlich.
1904 brachte der Bau der Florida East Coast Railroad Hunderte von Afroamerikanern auf die Suche nach Arbeit. Bethune sah einen Bedarf an Bildung, um das Leben dieser Menschen zu verbessern., Sie begann ihre Karriere als Erzieherin ernsthaft, als sie ein zweistöckiges Haus in Daytona Beach mietete, Florida, und begann die schwierige Aufgabe, eine Schule für afroamerikanische Mädchen zu gründen. In einer Zeit, in der die meisten afroamerikanischen Kinder wenig oder keine Ausbildung erhielten, wurde im Oktober 1904 die Daytona Literary and Industrial School für die Ausbildung von Negermädchen mit sechs Schülern (fünf Mädchen und ihr eigener Sohn) eröffnet. Es gab keine Ausrüstung—Kisten wurden für Schreibtische verwendet, Holzkohle trat an die Stelle von Bleistiften und Tinte kam aus zerdrückten Beeren.,
Zuerst tat Bethune alles selbst—Unterricht, administrative Aufgaben, Umgang mit dem Geld und Sauberhaltung der Schule. Sie durchsuchte auch Müllhalden nach Gegenständen, die die Schule restaurieren und verwenden konnte, wie Möbel und Holzstücke. Später konnte sie sich einen Stab sichern, von dem viele viele Jahre loyal für sie gearbeitet haben. Um den Ausbau der Schule zu finanzieren, backten Bethune und ihre Schüler Kuchen und machten Eis, um es an nahe gelegene Bauarbeiter zu verkaufen. Zusätzlich zu ihren regulären Klassen organisierte Bethune Klassen für die Kinder von Terpentinarbeitern., Auf diese Weise erfüllte sie ihren Wunsch, als Missionarin zu dienen.
Als die Schule in Daytona wuchs, brauchte sie mehr Geld, um erfolgreich zu laufen. Bethune begann Spenden von überall zu suchen, wo sie konnte. Im Jahr 1912 wurde sie von James M. Gamble von der Procter and Gamble Company in Cincinnati, Ohio, der an der Schule beigetragen und diente als Vorsitzender des Kuratoriums bis zu seinem Tod. Im Jahr 1923 fusionierte Bethune ‚ s School for Girls mit dem Cookman Institute of Jacksonville, Florida, einer Schule für Jungen., Die neue Schule wurde als Bethune-Cookman Collegiate Institute bekannt, bald umbenannt Bethune-Cookman College. Bethune war bis zu ihrer Pensionierung 1942 Präsidentin des Colleges. Sie blieb bis zu ihrem Lebensende Treuhänderin des Colleges. Bis 1955 hatte das College eine Fakultät (Lehrer und Verwaltungspersonal) von einhunderteinhalb Studenten von über eintausend.