Obwohl das angeborene Horner-Syndrom in Familien weitergegeben werden kann, wurden keine assoziierten Gene identifiziert. Horner-Syndrom, das nach der Neugeborenenperiode auftritt (erworbenes Horner-Syndrom) und die meisten Fälle des angeborenen Horner-Syndroms resultieren aus Nervenschäden, die als zervikale Sympathien bezeichnet werden. Diese Nerven gehören zu dem Teil des Nervensystems, der unwillkürliche Funktionen steuert (das autonome Nervensystem). Innerhalb des autonomen Nervensystems sind die Nerven Teil einer Unterteilung, die als sympathisches Nervensystem bezeichnet wird., Die zervikalen sympathischen Nerven steuern verschiedene Funktionen im Auge und Gesicht, wie Pupillenerweiterung und Schwitzen. Probleme mit der Funktion dieser Nerven verursachen, die Anzeichen und Symptome des Horner-Syndrom. Das Horner-Syndrom, das sehr früh im Leben auftritt, kann zu Irisheterochromie führen, da die Entwicklung der Pigmentierung (Färbung) der Iris unter der Kontrolle der sympathischen Halsnerven steht.,

Eine Schädigung der sympathischen zervikalen Nerven kann durch eine direkte Verletzung der Nerven selbst verursacht werden, die auf ein Trauma zurückzuführen ist, das während einer schwierigen Geburt, Operation oder versehentlichen Verletzung auftreten kann. Die Nerven im Zusammenhang mit dem Horner-Syndrom können auch durch einen gutartigen oder krebsartigen Tumor geschädigt werden, beispielsweise durch einen Krebs im Kindesalter des Nervengewebes, der als Neuroblastom bezeichnet wird.,

Das Horner-Syndrom kann auch durch Probleme mit der Arterie verursacht werden, die Kopf und Hals mit Blut versorgt (die Halsschlagader) auf der betroffenen Seite, was zu einem Verlust des Blutflusses zu den Nerven führt. Einige Personen mit angeborenem Horner-Syndrom haben einen Mangel an Entwicklung (Agenese) der Halsschlagader. Das Reißen der Schichten der Halsschlagaderwand (Zerlegung der Halsschlagader) kann ebenfalls zum Horner-Syndrom führen.

Die Anzeichen und Symptome des Horner-Syndroms können auch bei Migränekopfschmerz auftreten., Wenn die Kopfschmerzen verschwunden sind, verschwinden normalerweise auch die Anzeichen und Symptome des Horner-Syndroms.

Einige Menschen mit Horner-Syndrom haben weder ein bekanntes Problem, das zu Nervenschäden führen würde, noch eine Vorgeschichte der Störung in ihrer Familie. Diese Fälle werden als idiopathisches Horner-Syndrom bezeichnet.