Am Eingang der Attraktion betreten die Gäste das Institut für nautische Erforschung und Meeresbeobachtung (NEMO). Drei Möwen, die auf einer nahe gelegenen Boje sitzen, schreien „Mine! Meins! Meins!“alle paar Momente. Die Gäste besteigen eines der acht gelben Forschungs-U-Boote von NEMO und begeben sich auf die Suche nach einem aktiven Unterwasservulkan. Durch ihre Bullaugen sehen die Gäste eine farbenfrohe Unterwasserumgebung., Eines der ersten Dinge, die Gäste sehen, ist Darla, die fischtötende Nichte des Zahnarztes bei der Suche nach Nemo, Freitauchen inmitten der Korallen, Halten einer Plastiktüte mit Fisch, den sie gefangen hat.

Während die Reise weitergeht, sehen die Gäste einen riesigen Wolfsbarsch, der durch einen Algenwald schwimmt. Die U-Boote betreten dann die Ruinen einer alten Zivilisation, die vom berühmten Taucher P. Sherman erkundet werden. Unter den Ruinen liegt ein gigantischer Tiki-Kopf, eingebettet in den Meeresboden. Die U-Boote betreten dann ein Korallenriff mit vielen hellen reflektierenden Farben. Riesenmuscheln öffnen und schließen sich langsam, wenn die U-Boote vorbeifahren., Der Kapitän befiehlt dem U-Boot, viel tiefer zu tauchen, um einen Oberflächensturm zu vermeiden.

An dieser Stelle fährt das U-Boot durch einen Wasserfall und betritt das Hidden Ride-Gebäude, in dem sich die Gäste anscheinend durch Unterwasserhöhlen bewegen. Der Kapitän kündigt an, dass sie aufgrund der Fortschritte in der Meerestechnologie „Sonar-Hydrophone“ (eine Hommage an die ursprüngliche Attraktion) verwenden können, um die Fische sprechen zu hören. Das U-Boot durchquert eine dunkle Höhle, in der sich riesige Aale in Richtung U-Boot lehnen, und Hummer können auch gesehen werden., Das Sub passiert Marlin, einen Clownfisch und Dory, einen königlichen blauen Tang, als sie entdecken, dass Nemo sich wieder verirrt hat. Weiter entlang des Riffs begegnen die Gäste Mr. Ray und seiner Klasse, die ebenfalls durch die Koralle schwimmen und nach Nemo suchen. Der erste Kumpel gibt bekannt, dass sich das U-Boot der ostaustralischen Strömung nähert und das U-Boot zusammen mit Nemo, Squirt, Crush und anderen grünen Meeresschildkröten in die Strömung eindringt.

Das U-Boot verlässt dann die Strömung und betritt einen Friedhof mit versunkenen Schiffen, Jacques, eine sauberere Garnele ist in der Nähe zu sehen, während Marlin und Dory ihre Suche nach Nemo fortsetzen., Bruce, ein weißer Hai, und Chum, ein Mako-Hai, schwimmen in einem versunkenen U-Boot, umgeben von Minen des Zweiten Weltkriegs. (Anker, ein Hammerhai ist nicht in der Fahrt enthalten.) Das U-Boot „trifft“ eine Mine, wodurch die Mine explodiert, was dazu führt, dass das U-Boot zittert und vorübergehend an Kraft verliert. Während das U-Boot dunkel wird, sind Marlin und Dory von kleinen leuchtenden Lichtern umgeben, die sich bei mehreren riesigen Tiefseeanglerfischen als phosphoreszierende Lichter herausstellen. Nachdem Marlin und Dory den Kreaturen entkommen sind, machen sie sich auf den Weg durch einen Quallenwald.,

Das U-Boot erreicht den aktiven Tiefseevulkan. Gill, ein maurisches Idol, Aufblasen, ein Kugelfisch, Gurgeln, ein königliches Gramma, Blasen, ein gelber Tang und ein Gesang, während Lava die Seiten des Vulkans hinunterfließt, während Marlin und Dory sich endlich mit Nemo wieder vereinen. (Deb, ein vier Streifen damselfish ist nicht in der Fahrt enthalten.) Der Vulkan bricht aus, sobald das Sub entweicht und zum Riff zurückkehrt. Die Fische versammeln sich um und feiern Nemo wieder zu finden. Plötzlich erscheint eine Schote Buckelwale, und einer von ihnen schluckt sowohl Dory als auch das U-Boot., Dory schwimmt über den Versuch, die Vokalisationen des Wals zu verstehen. Nach ein paar Augenblicken schießt der Wal das U-Boot und Dory durch sein Blasloch. Dory verwechselt dann das U-Boot mit einem „großen gelben Wal“ und spricht Wal; auf Wiedersehen.

Der Kapitän weist den ersten Kameraden an, nichts einzugeben, was im Schiffsprotokoll passiert ist, weil „es sowieso niemand glauben würde.“Er sagt dann :“Wir sollten sie besser aufnehmen, bevor wir mit einer Seeschlange oder einer Begegnung mit einer Meerjungfrau einlaufen“ (Verweise auf die ursprüngliche Attraktion, zu der Meerjungfrauen und eine Seeschlange gehörten)., Es sind zwei Felsformationen zu sehen, von denen eine wie der Kopf einer Seeschlange und die andere wie eine Meerjungfrau geformt ist. Das Sub taucht dann auf und tritt in den Hafen ein, wo ein Paar Königskrabben an Luftblasen schnappen, die aus einem Abwasserrohr kommen. Eine Instrumentalversion von „Beyond the Sea“ spielt als U-Boot-Docks und der Kapitän dankt den Passagieren für das Reiten.