det var først under Tysklands forening i 1871, at det nyligt forenede tyske imperium først blev tildelt en officiel hovedstad. Da Berlin var hovedstaden i Preussen, den førende stat i Det Nye Rige, blev det også Tysklands hovedstad. Berlin havde været hovedstad i Preussen og dens forgænger, Brandenburg, siden 1518. Berlin forblev hovedstaden i Det forenede Tyskland indtil 1945. Men i en periode på få måneder efter Første Verdenskrig mødtes nationalforsamlingen i Berlineimar, fordi borgerkrig hærgede Berlin., Efter erobringen af Berlin i 1945 fungerede Flensburg kort som hovedstad. Tyskland blev derefter besat af de allierede som resultatet af Anden Verdenskrig, og Berlin ophørte med at være hovedstad i en suveræn tysk stat.

i 1949 genvandt suveræniteten landet opdelt i Vesttyskland og Østtyskland. Berlin blev også opdelt i Vestberlin og Østberlin. Oprindeligt skulle Frankfurt være den foreløbige hovedstad i Vesttyskland. Vesttyske myndigheder havde imidlertid til hensigt at gøre Berlin til hovedstaden, hvis Tyskland nogensinde blev genforenet., De frygtede, at da Frankfurt var en storby i sig selv, ville det i sidste ende blive accepteret som en permanent hovedstad og svække vesttysk støtte til genforening. Af denne grund var hovedstaden placeret i den mindre universitetsby Bonn som en mere åbenlyst foreløbig løsning. En anden faktor var, at Bonn er tæt på K .ln, hjemby for Vesttysklands første kansler, Konrad Adenauer. Østtyskland hævdede Østberlin som hovedstad, selv om Berlin som helhed stadig var lovligt besat territorium, og ville forblive det i 45 år.,

i 1990, med Tysklands genforening, blev Berlin også genforenet og blev hovedstad i den udvidede Forbundsrepublik Tyskland. Der var dog en vis debat om, hvorvidt regeringssædet skulle flytte til Berlin. Mange mente, at Bonn bør forblive sæde for regeringen – en situation, der svarer til den i Nederlandene, hvor Amsterdam er hovedstaden, men Haag er sæde for regeringen. I 1991, efter en følelsesladet debat, stemte Forbundsdagen for at flytte regeringssædet til Berlin i 1999.,

selvom Berlin officielt er hovedstaden i Forbundsrepublikken Tyskland, arbejder 8.000 ud af de 18.000 samlede embedsmænd, der er ansat ved det føderale bureaukrati, stadig i Bonn, 596 km (375 miles) væk fra Berlin.