Los científicos utilizan una herramienta llamada árbol filogenético, un tipo de diagrama, para mostrar las vías evolutivas y las conexiones entre los organismos. Los científicos consideran que los árboles filogenéticos son una hipótesis del pasado evolutivo, ya que no se puede volver atrás para confirmar las relaciones propuestas., En otras palabras, un «árbol de la vida», como a veces se le llama, puede ser construido para ilustrar cuando diferentes organismos evolucionaron y para mostrar las relaciones entre diferentes organismos.

a diferencia de un diagrama de clasificación taxonómica, un árbol filogenético puede leerse como un mapa de la historia evolutiva. Muchos árboles filogenéticos tienen un solo linaje en la base que representa un ancestro común. Los científicos llaman a estos árboles ‘enraizados’, lo que significa que hay un solo linaje ancestral (típicamente extraído de la parte inferior o izquierda) con el que se relacionan todos los organismos representados en el diagrama., Observe en el árbol filogenético enraizado que los tres dominios (bacterias, arqueas y Eukarya) divergen de un solo punto y se ramifican. La pequeña rama que las plantas y los animales (incluidos los humanos) ocupan en este diagrama muestra cómo estos grupos recientes y minúsculos se comparan con otros organismos. Los árboles no enraizados no muestran un ancestro común, pero sí muestran relaciones entre especies.,

en un árbol enraizado, la ramificación indica relaciones evolutivas., El punto donde se produce una división, llamado punto de ramificación, representa donde un solo linaje evolucionó en uno nuevo y distinto. Un linaje que evolucionó temprano desde la raíz y permanece sin ramificaciones se llama taxón basal. Cuando dos linajes provienen del mismo punto de ramificación, se llaman taxones hermanos. Una rama con más de dos linajes se llama politomía y sirve para ilustrar donde los científicos no han determinado definitivamente todas las relaciones., Es importante señalar que aunque los taxones hermanos y la politomía comparten un ancestro, esto no significa que los grupos de organismos se dividan o evolucionen entre sí. Los organismos en dos taxones pueden haberse separado en un punto de ramificación específico, pero ninguno de los taxones dio lugar al otro.

los árboles filogenéticos enraizados pueden servir como un camino para comprender la historia evolutiva. El camino se puede trazar desde el origen de la vida hasta cualquier especie individual navegando a través de las ramas evolutivas entre los dos puntos., Además, al comenzar con una sola especie y remontarse hacia el «tronco» del árbol, uno puede descubrir los antepasados de esa especie, así como donde los linajes comparten una ascendencia común. Además, el árbol se puede utilizar para estudiar grupos enteros de organismos.

otro punto a mencionar en la estructura filogenética del árbol es que la rotación en los puntos de ramificación no cambia la información. Por ejemplo, si se rota un punto de ramificación y cambia el orden de los taxones, esto no alteraría la información porque la evolución de cada taxón desde el punto de ramificación es independiente del otro.,

muchas disciplinas dentro del estudio de la biología contribuyen a comprender cómo la vida pasada y presente evolucionó con el tiempo; juntas, estas disciplinas contribuyen a construir, actualizar y mantener el «árbol de la vida».»La información se utiliza para organizar y clasificar organismos basados en relaciones evolutivas en un campo científico llamado sistemática. Los datos pueden ser recolectados a partir de fósiles, del estudio de la estructura de las partes del cuerpo o moléculas utilizadas por un organismo, y por análisis de ADN. Al combinar datos de muchas fuentes, los científicos pueden reunir la filogenia de un organismo., Dado que los árboles filogenéticos son hipótesis, continuarán cambiando a medida que se descubran nuevos tipos de vida y se aprenda nueva información.