St Barnabas Hospital, ursprungligen känd som hemmet för de åkommor, grundades 1866 av pastor Washington Rodman, av Grace Episcopal Church i West Farms, Bronx. Sjukhuset blev det första kroniska sjukdomssjukhuset och var inrymt i ett blygsamt ramhus och kunde tjäna 33 patienter. Sjukhuset flyttade till sin nuvarande plats på Third Avenue 1874 där det 1911 kunde rymma 300 bäddar., Stöd för icke-vinstdrivande sjukhus kom från New York Samhället inklusive Cornelius Vanderbilt (som serveras på sjukhusets Styrelse Chefer), John Jacob Astor, Theodore Roosevelt och Frederick Law Olmsted. Mellan 1926 och 1931 lade sjukhuset till tre nya byggnader till sjukhuset och 1947 bytte sjukhuset namn till St Barnabas Hospital. 1969 bröt St Barnabas marken för en sex våningar West Wing med 188 bäddar, en cafeteria och kök. St Barnabas vårdhem grundades 1972, och ligger på sjukhusets campus vid 2175 Quarry Rd.

1983, Dr., Ronald Gade befordrades till sjukhusets president från Chef för radiologi och arbetade för att göra sjukhuset effektivare i vården av patienter. Han minskade personalstorleken, avskräckte långa sjukhusvistelser och ökade kraftigt inkomsten från Medicaid på grund av förbättringar. Hans implementeringar på St Barnabas utmanade det medicinska etablissemanget genom att skapa en managed-care revolution i amerikansk medicin. I slutet av 1990-talet vann sjukhuset två stadskontrakt värda nästan $ 450 miljoner, en för att ge läkare till Lincoln Hospital i södra Bronx, den andra för att ta hand om fångar på Rikers Island., På 1990-talet fick sjukhuset statlig beteckning som ett Nivå 2-traumacenter och skapade ett AIDS-centrum och strokecenter.

sjukhuset är en viktig klinisk undervisningsplats för New York College of Osteopathic Medicine. I 2016 blev sjukhuset också en affiliate av CUNY School of Medicine för att rekrytera underrepresenterade minoriteter till medicin, öka sjukvården i undervärderade samhällen och öka antalet primärvårdsläkare.