Han grundade Mouratoglou Tennis Academy i 1996 nära Paris (senare flyttades till utkanten av Nice), och har coachat många upp-och-kommande spelare, inklusive Marcos Baghdatis (som han coachade till finalen av 2006 års Australian Open), Julia Vakulenko, petrova, Aravane Rezaï, Jérémy Chardy, Laura Robson, Yanina Wickmayer och Grigor Dimitrov.

Mouratoglou började coacha ATP-spelaren Marcos Baghdatis 1999 när Mouratoglou bjöd in honom till sin tennisakademi i oktober 1999, på en veckas basis., Baghdatis var, enligt Mouratoglou, ”inte en idrottsman alls”, men inom sju år skulle han bli en junior world No. 1, vinna 2003 Australian Open boys ’ Titel, nå finalen i samma turnering 2006 och nå världens topp tio.

i juli 2007 började han coacha Anastasia Pavlyuchenkova. Inom två år nådde Pavlyuchenkova världens topp 30 och har sedan dess gjort två Grand Slam-kvartsfinaler och nått en karriär-hög ranking av world No.13. De avslutade sin association i augusti 2009, och Mouratoglou flyttat till coaching både Aravane Rezaï och Yanina Wickmayer., Rezaï haft en framgångsrik säsong 2010, in världens topp 20 och vinna Premier event i Madrid samtidigt som Wickmayer nått en karriär-hög ranking of world Nr 12 i April 2010. Mouratoglou slutade arbeta med både Rezaï och Wickmayer i augusti 2010 och April 2012 respektive.

I December 2010, Mouratoglou börjat träna Laura Robson, som var världen Nr 217 vid den tiden och fortfarande kämpar för att bryta sig in i senior tour., De arbetade tillsammans i sex månader innan de separerade strax före Wimbledon i 2011, när Robson fortfarande kämpade för att göra några framsteg på WTA-touren, efter att ha glidit vidare till world no. 257. Under samma period coachade Mouratoglou också Jérémy Chardy inom hans akademi.

i mars 2012 började Mouratoglou coacha Grigor Dimitrov och satte sig om att leda honom tillbaka till världens topp 100, efter att ha sjunkit till nr 102 när han började. Denna förening avslutades i September samma år och Mouratoglou flyttade till sitt nuvarande jobb, uteslutande coaching Serena Williams.,

När Mouratoglou började coaching Williams, hon hade just drabbats av sin första någonsin öppningsrundan nederlag i huvuddragningen av en Grand Slam turnering, förlorar i den första omgången av 2012 French Open. Sedan dess har Mouratoglou guidat Williams till hennes femte, sjätte och sjunde Wimbledontitlar, OS – guld, hennes fjärde, femte och sjätte US Open-titlar, hennes andra och tredje Franska öppna titlar, tre på varandra följande årsslutsmästerskap, hennes sjätte och sjunde Australiensiska öppna titel och lyfte tillbaka henne till world No.1 i WTA rankingen.,

i 2018 började Stefanos Tsitsipas träna i sina tennisakademier, liksom coachas av Patrick Mouratoglou och hans far Apostolos Tsitsipas.