Koagulastest är den enskilt mest tillförlitliga metoden för att identifiera Staphylococcus aureus. Koagulasproduktion kan detekteras med antingen glidkoagulastestet (SCT) eller rörkoagulastestet (TCT)., Slidekoagulas detekterar bundet koagulas (även kallat ”klumpfaktor”) , som reagerar direkt med fibrinogen i plasma, vilket orsakar snabb cellagglutination. Negativa isolat efter SCT kräver bekräftelse med överlägsen TCT, eftersom stammar som saknar klumpfaktor vanligtvis producerar fritt koagulas. Tubkoagulas detekterar utsöndrat extracellulärt fritt koagulas som reagerar med ett ämne i plasma som kallas ”Coagulas-Reacting Factor” (CRF) för att bilda ett komplex, vilket i sin tur reagerar med fibrinogen för att bilda fibrin (blodproppen) ., Stammar av koagulaspositiva djur stafylokocker har isolerats från humana kliniska prover, men vissa djur stafylokock isolat jäser också mannitol . Denna studie utvärderade prestandan hos TCTs, DNas och MSA, de fenotypiska metoder som vanligen används vid identifiering av Staphylococcus aureus.
detektering av Staphylococcus aureus med tillgängliga fenotypiska tester
PCR-förstärkning av nuc-genen, som användes som ett baseline-test, detekterade 32 Staphylococcus aureus av de 60 stafylokockisolaten, se Tabell 2., Av de 32 nuc-positiva Staphylococcus aureus-isolaten detekterade MSA det högsta antalet isolat (30 av 32, 94%) medan TCT (human respektive fårplasma) detekterade 29 och 27 av 32 isolaten (91% respektive 84%), tabell 2. DNase upptäckts minst antal isolat (24 av 32, 75%).
nio av de 32 nuc-positiva Staphylococcus aureus-isolaten (28%) var koagulasnegativa, vilket innebär att vissa isolat kan misdentifieras av TCT som ett enda test. Koagulasnegativa Staphylococcus aureus kan troligen vara MRSA-isolat som rapporteras reagera svagt eller negativt med TCT, eller sällsynta Staphylococcus aureus-stammar som rapporteras vara koagulasnegativa . Två Staphylococcus aureus isolat (6%) var också MSA negativa., Shittu et al rapporterade också mannitol negativ Staphylococcus aureus som var meticillinresistent . Dessutom, åtta av de 32 nuc-positiva Staphylococcus aureus-isolaten DNase negativa (25%). Rao et al rapporterade DNase-negativa Staphylococcus aureus men utan förklaring till dessa fynd . Sex andra stafylokocker än nuc-bekräftade Staphylococcus aureus-isolaten producerade gula kolonier på MSA, och liknande fynd rapporterades av andra utredare . Ett annat sällsynt fynd i denna studie var ett isolat som var DNase-positivt men MSA-negativt och rörkoagulas-negativt (dvs, Staphylococcus aureus). Vi antar att isolatet kan ha varit Staphylococcus schleiferi subsp. koagulaner, som enligt den nationella standardmetoden också är DNase positiv .
enkla fenotypiska tester är ineffektiva för identifiering av Staphylococcus aureus
vi använde känslighet och specificitet för att utvärdera prestanda för enskilda tester för att detektera Staphylococcus aureus., Tillväxten på MSA var den känsligaste (94% känslighet), följt av TCT (human-och fårplasma, 91% respektive 81% känslighet) medan DNase-testet var den minst känsliga (75% känslighet). Omvänt var dnastestet det mest specifika (96% specificitet) följt av MSA (79% specificitet), medan TCT (human plasma och fårplasma) var det minst specifika (11% respektive 7%), tabell 3. Sammantaget var tillväxten på MSA av de enskilda testerna bäst vid identifiering av Staphylococcus aureus (94% känslighet och 79% specificitet)., Våra resultat skiljer sig något från Han et al, som rapporterade känslighet och specificitet på 76,5% respektive 99,6% för MSA . D ’ Souza et al, rapporterade också känslighet på 71%, lite lägre än vår . Den höga känsligheten hos MSA vid detektering av Staphylococcus aureus kan bero på dess förmåga att isolera patogen Staphylococcus aureus, differentiera koagulasnegativa stafylokocker från koagulaspositiva stafylokocker.,
för tubkoagulas var human plasma känsligare än fårplasma (91% mot 81% känslighet), vilket innebär att användning av fårplasma med TCT kan upptäcka fler falska negativa isolat. Således är det i denna inställning osannolikt att fårplasma kommer att ersätta human plasma för rutinmässiga TCT., Våra data överensstämmer med tidigare resultat där känslighet på 94-100% rapporterades av andra utredare . I denna studie var känsligheten för plasma från människa och får högre än vad som rapporterades i andra miljöer, där värden så låga som 54, 5% (human plasma) och 45, 5% (fårplasma) rapporterades . Därför varierar plasmaprestanda med koagulastest med inställning och valet av plasma kan påverka testets effektivitet. Användningen av EDTA eller citrat som antikoagulant påverkar också testets prestanda., Anmärkningsvärt påverkar citrat endast koagulasreaktioner av enterokocker där det används, men påverkar inte koagulasproducerande organismer som Staphylococcus aureus.
dnastestet hade en känslighet på 75% och en specificitet på 96%, vilka är jämförbara med andra studier där en känslighet på 75% och en specificitet på 100% rapporterades . I denna studie var DNase-testet det mest specifika av alla test och hade minst antal falska positiva isolat (det fanns bara en falsk positiv)., Detta var överens med andra rapporter, där DNase-testet rapporterades som överlägsen TCT . Tillväxten på MSA var också mycket specifik(79% specificitet), medan det minst specifika testet var rörkoagulas (human plasma och fårplasma, 11% respektive 7% specificitet).
däremot rapporterade andra studier hög specificitet (93, 6%) för plasma från människa och får med TCT ., Den låga specificiteten i vår studie kan delvis bero på att de är icke-specifik detektion av andra koagulaspositiva stafylokocker, såsom Staphylococcus schleiferi underarter coagulans, Staphylococcus delphini, Staphylococcus intermedius och Staphylococcus hyicu s. Staphylococcus delphini och Staphylococcus intermedius är sällsynta kliniska isolat medan Staphylococcus hyicu s är obestämda (med utbredningen sträcker sig från 11% till 89% ). Förekomsten av dessa isolat kan vara hög i vissa inställningar., Även om MSA och DNase hade höga särdrag och känslighet, som individuella test, begränsas deras användning vid rutinmässig identifiering av Staphylococcus aureus av deras förmåga att upptäcka andra bakteriella isolat och används mestadels under initiala skärmar . Ja, Mannitol salt positiva Nackdelar (Staphylococcus drog, S. hemolyticus och S. saprophyticus) har rapporterats i Nigeria och Japan ., Således, i vissa inställningar, om de används individuellt för att identifiera Staphylococcus aureus, kan vanliga fenotypiska tester vara otillräckliga; vissa isolat kommer att misidentifieras, antingen som Staphylococcus aureus eller CoNS.
en kombination av MSA och DNase förbättrar röret koagulastest
vi utvärderade sedan känsligheten och specificiteten hos testkombinationer (dvs MSA / DNase / TCT) vid detektering av Staphylococcus aureus, som syftar till att förbättra prestandan hos TCT., Vi uppnådde absolut specificitet (100%) vid detektering av Staphylococcus aureus med testkombinationer, med undantag för DNase/MSA-kombinationen (92% specificitet). Omvänt varierade testkombinationernas känslighet, med MSA/DNas / TCT (human plasma) som den känsligaste (75% känslighet), medan MSA/DNas/TCT (fårplasma) var den minst känsliga (25% känslighet), tabell 3.
en kombination av MSA/DNas resulterade i specificitet och känslighet på 92% respektive 96%, och detta skulle vara kombinationen av val för identifiering av Staphylococcus aureus., Eftersom båda testen inte är specifika för Staphylococcus aureus och kan upptäcka andra bakteriella isolat, kan den dubbla kombinationen endast användas för att förbättra TCT. Även om andra testkombinationer-MSA/DNas / TCT (human plasma) och MSA / TCT (human plasma) hade specificitet på 100%, hade de varierande känslighet (75% respektive 33%). I denna linje är en kombination av MSA/DNas/TCT (human plasma) bättre vid identifiering av Staphylococcus aureus (100% specificitet, 75% känslighet) än kombinationen MSA / TCT (human plasma) (100% specificitet, 33% känslighet)., På samma sätt hade kombinationerna DNas/TCT (fårplasma) och MSA/TCT (fårplasma) och MSA/DNas/TCT (fårplasma) en absolut specificitet (100%) men med varierande känslighet (50%, 25% respektive 67%).
sålunda kan rörets koagulaseffektivitet förbättras genom samtidig testning som inkluderar både DNase och MSA. För högre känslighet och specificitet kan uppföljaren identifiering av Staphylococcus aureus påbörjas med MSA, DNase och sedan TCT. Anmärkningsvärt, den förbättrade specificiteten hos TCT förändrade inte signifikant den initialt observerade höga känsligheten., Användningen av MSA före TCT / DNas rekommenderas starkt på grund av klumpfaktorn negativ och tubkoagulas positiva stafylokocker som i allt högre grad återvinns från humana infektioner. Dessa isolat producerar också ett värmestabilt DNas och kan misidentifieras som Staphylococcus aureus. Dessa stammar kan emellertid differentieras från Staphylococcus aureus genom deras misslyckande att producera syra från maltos, laktos och mannitol. Dessutom kan sällsynta stammar av Staphylococcus aureus vara koagulasnegativa, men djur isolat (S. intermidius, S. hyicus, S. delphini och S. schleiferi subsp., koagulaner) kan vara rörkoagulas positiv; differentiering av dessa kräver också tillväxt på MSA.
prediktiva värden
tillväxten på MSA hade det högsta negativa prediktiva värdet (NPV) följt av DNase, medan tubkoagulas hade den lägsta NPV (som inte matchade den höga känslighet som ursprungligen observerades, se Tabell 3). Omvänt gav testkombinationer absoluta NPV (100%) med undantag för DNase/MSA (NPV på 92%), tabell 3., Testkombinationernas höga NPV, särskilt de som involverar TCT, visar att testkombinationer på ett tillförlitligt sätt kan användas vid rutinmässig identifiering av Staphylococcus aureus. DNase hade det högsta positiva prediktiva värdet (PPV), följt av MSA (96% respektive 83%). Omvänt resulterade enbart tubkoagulas i genomsnittliga PPV (54% och 50%), Se tabell 3. Intressant, testkombinationer resulterade i höga PPV, med de som involverar DNase har den högsta PPV (95%), se Tabell 3., Såsom för NPV kan TCT: s specificitet förbättras genom en samtidig identifiering av isolaten med DNas och MSA.
därför kräver den ideala identifieringen av Staphylococcus aureus kliniska isolat ett batteri av test. Staphylococcus aureus infektioner är vanligare än de av andra bakterier, särskilt i miljöer med hög HIV / AIDS prevalens . Detta garanterar korrekt identifiering av isolaten för att uppnå bättre behandlingsresultat., Eftersom alternativ för att förbättra känsligheten och specificiteten presenteras kommer dessa data att förbättra identifieringen av stafylokock aureus i kliniska prover.
rekommendationer
för rutinmässig identifiering av Staphylococcus aureus från kliniska prover rekommenderar vi samtidig användning av alla de tre testerna (som börjar med tillväxt på MSA, DNas och Rörkoagulas) i Inställningar där kanin eller hästplasma inte är lättillgängliga., Screening av plasmas från andra arter (som kanin, get, gris och nötkreatur), som kan vara billigare och säkrare, och rapporteras vara effektivare än human plasma med TCT, rekommenderas. Dessutom rekommenderas genotypning av kliniska stafylokockisolat för att specificera CoNS-isolat och för att bestämma förekomsten av sällsynta Staphylococcus aureus och djurisolat i humana prover i Uganda.