syre och koldioxid löses upp i vatten, och de flesta fiskar utbyter upplöst syre och koldioxid i vatten med hjälp av gälarna. Gälarna ligger bakom och vid sidan av munhålan och består av köttiga filament som stöds av gillbågarna och fyllda med blodkärl, vilket ger gälar en ljus röd färg. Vatten som tas in kontinuerligt genom munnen passerar bakåt mellan gillstängerna och över gillfilamenten, där utbytet av gaser äger rum., Gälarna är skyddade av en gill täcka i teleosts och många andra fiskar men av klaffar av hud i hajar, strålar, och några av de äldre fossila fiskgrupper. Blodkapillärerna i gillfilamenten ligger nära gillytan för att ta upp syre från vattnet och ge upp överskott av koldioxid till vattnet.

de flesta moderna fiskar har ett hydrostatiskt (ballast) organ, kallat badblåsan, som ligger i kroppshålan strax under njurarna och ovanför magen och tarmarna. Det härstammar som en divertikulum i matsmältningskanalen., I avancerade teleoster, särskilt acanthopterygiansna, har blåsan förlorat sin förbindelse med matsmältningsorganet, ett tillstånd som kallas physoclistic. Anslutningen har behållits (physostomous) av många relativt primitiva teleosts. I flera orelaterade fisklinjer har blåsan blivit specialiserad som en lunga eller åtminstone som ett högt vaskulariserat tillbehörsandningsorgan. Vissa fiskar med sådana tillbehörsorgan är skyldiga luftandare och kommer att drunkna om de nekas tillgång till ytan, även i väl syresatt vatten., Fiskar med hydrostatisk form av badblåsa kan styra djupet genom att reglera mängden gas i blåsan. Gasen, mestadels syre, utsöndras i blåsan genom speciella körtlar, vilket gör fisken mer flytande; gasen absorberas i blodet av ett annat speciellt organ, vilket minskar den totala flytkraften och tillåter fisken att sjunka. Vissa djuphavsfiskar kan ha oljor, snarare än gas, i blåsan. Andra djuphavs-och vissa bottenlevande former har mycket reducerade badblåsor eller har förlorat orgeln helt.,

simblåsan av fiskar följer samma utvecklingsmönster som lungorna hos landkotan. Det råder ingen tvekan om att de två strukturerna har samma historiska ursprung i primitiva fiskar. Mer eller mindre mellanliggande former överleva fortfarande bland de mer primitiva typer av fiskar, sådana som lungfishes Lepidosiren och Protopterus.