deși sindromul Horner congenital poate fi transmis în familii, nu au fost identificate gene asociate. Sindromul Horner care apare după perioada nou-născutului (sindromul Horner dobândit) și majoritatea cazurilor de sindrom Horner congenital rezultă din deteriorarea nervilor numiți simpatetici cervicali. Acești nervi aparțin părții sistemului nervos care controlează funcțiile involuntare (sistemul nervos autonom). În cadrul sistemului nervos autonom, nervii fac parte dintr-o subdiviziune numită sistemul nervos simpatic., Nervii simpatici cervicali controlează mai multe funcții în ochi și față, cum ar fi dilatarea pupilei și transpirația. Problemele cu funcția acestor nervi provoacă semnele și simptomele sindromului Horner. Sindromul Horner care apare foarte devreme în viață poate duce la heterocromia irisului, deoarece dezvoltarea pigmentării (colorării) irisului este sub controlul nervilor simpatici cervicali.,deteriorarea nervilor simpatici cervicali poate fi cauzată de o leziune directă a nervilor înșiși, care poate rezulta din traume care ar putea apărea în timpul unei nașteri dificile, intervenții chirurgicale sau vătămări accidentale. Nervii legați de sindromul Horner pot fi, de asemenea, deteriorați de o tumoare benignă sau canceroasă, de exemplu un cancer din copilărie al țesuturilor nervoase numit neuroblastom.,sindromul Horner poate fi, de asemenea, cauzat de probleme cu artera care furnizează sânge capului și gâtului (artera carotidă) pe partea afectată, ducând la pierderea fluxului sanguin către nervi. Unele persoane cu sindrom Horner congenital au o lipsă de dezvoltare (ageneză) a arterei carotide. Ruperea straturilor peretelui arterei carotide (disecția arterei carotide) poate duce, de asemenea, la sindromul Horner.semnele și simptomele sindromului Horner pot apărea și în timpul unei migrene., Când durerea de cap a dispărut, semnele și simptomele sindromului Horner dispar de obicei.unele persoane cu sindrom Horner nu au nici o problemă cunoscută care ar duce la afectarea nervilor și nici antecedente de tulburare în familia lor. Aceste cazuri sunt denumite sindrom Horner idiopatic.