Cariera ca educator
După absolvirea Institutul Biblic Moody, Mary a dorit să devină un misionar în Africa. Cu toate acestea, i sa spus că afro-americanilor nu li sa permis să ia poziții de genul acesta. A devenit instructor la școala de misiune presbiteriană din Mayesville în 1896 și mai târziu la Institutul Haines din Augusta, Georgia, în 1896 și 1897., În timp ce lucra la Institutul Kindell din Sumpter, Carolina de Sud, în 1897 și 1898, l-a cunoscut pe Albertus Bethune, cu care s-a căsătorit mai târziu și a avut un fiu. Devotamentul ei față de educația copiilor afro-americani a provocat probleme cu căsătoria, însă cuplul s-a separat în cele din urmă. în 1904, construcția căii ferate Florida East Coast a adus sute de afro-americani în zonă în căutarea unui loc de muncă. Bethune a văzut nevoia de educație pentru a îmbunătăți viața acestor oameni., Și-a început cariera de educator cu seriozitate când a închiriat o casă cu două etaje în Daytona Beach, Florida și a început sarcina dificilă de a înființa o școală pentru fete afro-americane. Astfel, într-o epocă în care majoritatea copiilor afro-americani au primit puțină educație sau deloc, școala literară și industrială Daytona pentru formarea fetelor negre a fost începută în octombrie 1904, cu șase elevi (cinci fete și propriul fiu). Nu exista echipament-lăzile erau folosite pentru birouri, cărbunele luau locul creioanelor, iar cerneala provenea din fructe de padure zdrobite., la început Bethune a făcut totul singură—predare, îndatoriri administrative, manipularea banilor și păstrarea școlii curate. De asemenea, a căutat haldele de gunoi pentru obiecte pe care școala le-ar putea restaura și folosi, cum ar fi mobilier și bucăți de lemn. Mai târziu a reușit să-și asigure un personal, dintre care mulți au lucrat loial pentru ea mulți ani. Pentru a ajuta la plata extinderii școlii, Bethune și elevii ei au copt plăcinte și au făcut înghețată pentru a vinde muncitorilor din construcții din apropiere. În plus față de clasele obișnuite, Bethune a organizat cursuri pentru copiii lucrătorilor din terebentină., Astfel, ea și-a satisfăcut dorința de a sluji ca misionară. pe măsură ce școala din Daytona creștea, avea nevoie de mai mulți bani pentru a funcționa cu succes. Bethune a început să caute donații de oriunde putea. În 1912 a interesat James M. Gamble de la Procter and Gamble Company of Cincinnati, Ohio, care au contribuit la școală și a servit ca președinte al consiliului său de administrație până la moartea sa. În 1923 școala Bethune pentru fete a fuzionat cu Institutul Cookman Din Jacksonville, Florida, o școală pentru băieți., Noua școală a devenit cunoscută sub numele de Institutul colegial Bethune-Cookman, redenumit în curând Colegiul Bethune-Cookman. Bethune a servit ca președinte al colegiului până la pensionarea ei în 1942. A rămas mandatar al colegiului până la sfârșitul vieții. De 1955 Colegiul a avut o facultate (profesori și personal administrativ) de o sută și o înscriere student de peste o mie.