Margaret nu a fost chiar atât de norocoasă. Căsătoria ei cu Angus nu a fost bine primită de ceilalți nobili scoțieni, dintre care unii erau geloși de ceea ce percepeau a fi ascensiunea sa la putere, iar fracțiunea nobililor care susțineau lunga istorie a Scoției de relații bune cu Franța dorea ca Margaret să fie înlocuită cu John Stewart, Duce de Albany., Albany a fost vărul lui Iacob al IV-lea, propriul său tată Alexander Stewart fiind fiul lui Iacob al II-lea și fratele lui Iacob al III-lea, iar în cazul în care fiii lui Iacob al IV-lea mor, el a fost moștenitorul de drept al tronului scoțian.Albany și-a petrecut întreaga viață în Franța, iar nobilii scoțieni au vrut ca el să se întoarcă în Scoția și să conducă armata țării chiar înainte de a doua căsătorie a Margaretei., Albany ajuns în 1515 și Margaret a fost obligat să predea regenta ei și cei doi fii ai ei; ea trebuie să fi fost frică pentru siguranța lor atunci când propriul ei unchi, Prinții din Turn, a dispărut în timp ce sub Richard al III-lea grija lui. Albany, cu toate acestea, tratate Margaret cu mare respect și nu părea să aibă nici un interes în uzurparea tronului.chiar și așa, încurajată de fratele ei, Margareta a luat decizia de a fugi din Scoția în vara anului 1515. Ea și Angus s-au refugiat la Lordul Dacre, directorul englez al marșurilor, unde, în octombrie, a născut fiica lor, Margaret Douglas., Abia când și-a revenit din calvarul nașterii a fost că s-a îndreptat spre sud spre Londra și Curtea fratelui ei, în timp ce Angus s-a întors în Scoția.Margaret a rămas în Anglia puțin peste un an până când Albany s-a întors în Franța pentru a-și vedea familia și s-au făcut aranjamente pentru ca ea să se întoarcă. Ca sora lui Henry, ea a fost candidatul perfect pentru a lucra în favoarea Angliei dintr-o poziție de putere considerabilă în Scoția., Din păcate, fiul ei mai mic, Alexander, a murit în timpul absenței ei, dar Lorzii scoțieni au fost de acord că ea a fost de a fi dat la fel de mult acces la James ca ea a dorit, precum și drepturile ei dower.deși trebuie să fi fost fericită că s-a reunit cu fiul ei, fericirea conjugală nu a durat când s-a întors în Scoția pentru a descoperi că Angus locuia cu o altă femeie și folosea banii Margaretei pentru a o păstra. Ea a refuzat să locuiască din nou cu soțul ei și a căutat fie un divorț, fie o anulare., În mod ironic, Henry a fost scandalizat că sora lui s – ar gândi să pună capăt căsătoriei ei-în special ca Angus a avut pro – Anglia se vede-și a sprijinit cumnatul său, mai degrabă decât ei.când Albany s-a întors în Scoția în 1521, el și Margaret au dezvoltat o relație de lucru atât de puternică încât unii oameni credeau că au o aventură., Albany trimis Angus în Franța, și Henry îngrijorat de faptul că sora lui ar sprijini Franța influența în Scoția în Anglia, dar în 1523 Angus a fugit din Franța la curtea engleză, unde a servit cu loialitate lui Henry interese în Scoția până la moartea regelui, în 1547.

Lorzii scoțieni care s – au opus regenței lui Albany au fost satisfăcuți când James a fost pronunțat rege la 12 ani, mai degrabă decât 14, așa cum se întâmpla de obicei în Scoția în acest moment, să domnească cu îndrumarea mamei sale și sub supravegherea unui grup rotativ de lorzi scoțieni-dintre care unul era Angus., Albany s-a întors fericit în Franța, lăsând-o pe Margaret să se ocupe de soțul ei, care a înfuriat-o când a refuzat să treacă supravegherea regelui la următorul domn, iar James a fost în esență ținut captiv de tatăl său vitreg timp de trei ani.Albany a continuat să o susțină pe Margareta în fața lui Angus, însă în timpul captivității lui James Albany a pus cazul Margaretei în anulare la Roma. Spre deliciul lui Margaret, anularea a fost acordată, ceea ce a fost cel mai bun, având în vedere că trăia deja cu bărbatul care avea să devină al treilea soț al ei, Henry Stewart, primul Lord Methven., În ciuda dezaprobării lui James, s-au căsătorit rapid când a fost anunțată anularea și locuiau în Stirling când James, în vârstă de 16, a reușit să scape de ghearele lui Angus și a fugit acolo. Angus și sora lui James, Margaret Douglas, au fost alungați și au plecat în Anglia, după care Margaret nu și-a mai văzut niciodată fiica.