Inchiziția la vârf
Marele Inchizitor a acționat ca șef al Inchiziției din Spania. Jurisdicția ecleziastică pe care a primit-o de la Vatican l-a împuternicit să numească deputați și să asculte apelurile. Pentru a decide recursurile, Marele Inchizitor a fost asistat de un consiliu format din cinci membri și de consultanți. Toate aceste birouri au fost ocupate de comun acord între guvern și Marele Inchizitor., Consiliul, mai ales după reorganizarea SA în timpul domniei lui Filip al II-lea (1556-98), a pus controlul efectiv al instituției din ce în ce mai mult în mâinile puterii civile. După papalitatea lui Clement al VII-lea (1523-34), preoții și episcopii au fost uneori judecați de Inchiziție. În procedură, Inchiziția spaniolă era asemănătoare cu Inchiziția medievală. Primul mare Inchizitor din Spania a fost dominicanul Tomás de Torquemada; numele său a devenit sinonim cu brutalitatea și fanatismul asociat Inchiziției., Torquemada a folosit tortura și confiscarea pentru a-și teroriza victimele, iar metodele sale au fost produsul unei perioade în care procedura judiciară a fost crudă prin design. Condamnarea acuzatului a avut loc la auto-da-fé (Portugheză: „act de credință”), o expresie publică elaborată a puterii Inchiziției. Condamnații au fost prezentați în fața unei mulțimi mari care includea adesea drepturi de autor, iar procedurile au avut o calitate ritualizată, aproape festivă., Numărul arderilor pe rug în timpul mandatului lui Torquemada a fost exagerat de criticii protestanți ai Inchiziției, dar în general se estimează că a fost de aproximativ 2.000.
la îndemnul lui Torquemada, Ferdinand și Isabella au emis un edict pe 31 Martie 1492, oferind evreilor spanioli posibilitatea de a alege exilul sau botezul; ca urmare, peste 160.000 de evrei au fost expulzați din Spania. Francisco, Cardinalul Jiménez de Cisneros, a promovat suprimarea musulmanilor cu același zel pe care Torquemada îl îndreptase asupra evreilor. În 1502 a ordonat proscrierea Islamului în Granada, ultimul dintre regatele musulmane din Spania care a căzut la Reconquista. Persecuția musulmanilor sa accelerat în 1507, când Jiménez a fost numit mare Inchizitor., Musulmanii din Valencia și Aragon au fost supuși convertirii forțate în 1526, iar Islamul a fost ulterior interzis în Spania. Inchiziția și-a dedicat apoi atenția Moriscosului, musulmanilor spanioli care au acceptat anterior botezul. Expresiile Culturii Morisco au fost interzise de Filip al II-lea în 1566, iar în trei ani, persecuția de către Inchiziție a dat loc războiului deschis între Moriscos și coroana spaniolă. Moriscos au fost alungați din Granada în 1571, iar până în 1614 aproximativ 300 000 au fost expulzați în întregime din Spania.,
atunci Când Reforma a început să pătrundă în Spania, relativ puține spaniolă Protestanții au fost eliminate de către Inchiziție. Străinii suspectați de promovarea credințelor protestante în Spania s-au întâlnit cu scopuri la fel de violente., După ce a curățat în mare măsură țara evreilor și musulmanilor—precum și mulți foști membri ai acelor credințe care s—au convertit la creștinism-Inchiziția spaniolă și-a îndreptat atenția către romano-catolici proeminenți. Sfântul Ignatie de Loyola a fost arestat de două ori sub suspiciunea de erezie, iar Arhiepiscopul de Toledo, dominicanul Bartolomé de Carranza, a fost închis timp de aproape 17 ani., Nominal grupuri Creștine care au deviat de la Inchiziția a ortodoxiei, cum ar fi urmașii lui mistice Iluminată de circulație și adepții Erasmianism (o spiritualizate credința Creștină sistem influențată de învățăturile umanist Desiderius Erasmus), au fost supuse unor intense persecuții de-a lungul 16-lea și în secolul al 17-lea.