Ele fundou a Mouratoglou Academia de Tênis, em 1996, perto de Paris (que mais tarde se mudou para a periferia de Nice), e já treinou muitos-e-vem de jogadores, incluindo Marcos Baghdatis (a quem ele treinou para o final de 2006 Australian Open), Julia Vakulenko, Anastasia Pavlyuchenkova, Aravane Rezaï, Jérémy Chardy, Laura Robson, Yanina Wickmayer e Grigor Dimitrov.Mouratoglou começou a treinar o jogador da ATP Marcos Baghdatis em 1999, quando Mouratoglou o convidou para sua academia de tênis em outubro de 1999, em uma semana., Baghdatis foi, de acordo com Mouratoglou, “não um atleta de todo”, no entanto, dentro de sete anos ele se tornaria um mundo Júnior número 1, ganhar o título do Australian Open boys de 2003, chegar à final do mesmo torneio em 2006 e chegar ao Top dez do mundo.em julho de 2007, começou a treinar Anastasia Pavlyuchenkova. Em dois anos, Pavlyuchenkova alcançou o top 30 do mundo e desde então fez duas quartas de final de Grand Slam e alcançou um ranking de carreira de número 13 do mundo. Eles terminaram sua Associação em agosto de 2009, e Mouratoglou passou a treinar tanto Aravane Rezaï e Yanina Wickmayer., Rezaï desfrutou de uma temporada de sucesso em 2010, entrando no top 20 do mundo e vencendo o primeiro evento em Madrid, enquanto Wickmayer alcançou um ranking de carreira de topo do world nº 12 em abril de 2010. Mouratoglou deixou de trabalhar com Rezaï e Wickmayer em agosto de 2010 e abril de 2012, respectivamente.em dezembro de 2010, Mouratoglou começou a treinar Laura Robson, que era a No. 217 do mundo na época e ainda lutando para entrar na turnê senior., Eles trabalharam juntos por seis meses antes de se separarem pouco antes de Wimbledon em 2011, quando Robson ainda estava lutando para fazer qualquer progresso na WTA Tour, tendo descido ainda mais para o world No. 257. Durante este mesmo período, Mouratoglou também treinou Jérémy Chardy dentro de sua academia.

Em março de 2012, Mouratoglou começou a treinar Grigor Dimitrov e começou a guiá-lo de volta para o top 100 do mundo, tendo caído para o número 102 quando ele começou. Esta associação terminou em setembro daquele ano e Mouratoglou passou a seu trabalho atual, exclusivamente treinando Serena Williams.,na época em que Mouratoglou começou a treinar Williams, ela tinha acabado de sofrer sua primeira derrota de abertura no sorteio principal de um torneio de Grand Slam, perdendo na primeira rodada do aberto francês de 2012. Desde então, Mouratoglou guiou Williams para seus quinto, sexto e sétimo títulos de Wimbledon, a medalha de ouro olímpica, seu quarto, quinto e sexto títulos abertos dos Estados Unidos, seu segundo e terceiro títulos abertos Franceses, três títulos consecutivos de fim de Ano, seu sexto e sétimo título aberto australiano e levantou suas costas para o número 1 no ranking da WTA.,em 2018, Stefanos Tsitsipas começou a treinar em suas academias de tênis, assim como foi treinado por Patrick Mouratoglou e seu pai Apostolos Tsitsipas.