trzeci okres historii Ligi, okres konfliktu, rozpoczął się incydentem Mukden, nagłym atakiem dokonanym 18 września 1931 roku przez armię japońską na chińskie władze w Mandżurii. Był to wyraźnie akt wojny, naruszający Przymierze. Japonia początkowo oświadczyła, że wojska zostaną wycofane, ale później (w lutym 1932) utworzyła marionetkowe państwo Mandżukuo, twierdząc, że usunęło to wszelkie prawne podstawy do interwencji Ligi., Był to pierwszy poważny test systemu Przymierza i nie można było sobie wyobrazić trudniejszych okoliczności. Wielu mniejszych członków Ligi i sympatyków Ligi na całym świecie wezwało do ścisłego stosowania Przymierza i bojkotu Gospodarczego Japonii. Członkowie Rady Naczelnej sami byli jednak w uścisku kryzysu gospodarczego, a współpraca Stanów Zjednoczonych i ZSRR z pewnością została odrzucona. Nigdy nie przewidywano poważnych sankcji gospodarczych. Po długich negocjacjach, w których Stany Zjednoczone udzieliły swojego poparcia, pozwalając nawet USA., delegat do zasiadania w Radzie przez jedną sesję, powołano komisję śledczą. Docierając do Mandżurii w kwietniu 1932 roku, Komisja uznała już utworzone nowe państwo Mandżukuo. Niemniej jednak Komisja sporządziła pełne sprawozdanie, w którym stwierdziła, że Mandżuria powinna zostać zwrócona chińskiej suwerenności, z różnymi zabezpieczeniami praw i potrzeb Japonii. Wnioski z tego sprawozdania zostały jednogłośnie przyjęte przez Zgromadzenie (luty 1933). Japonia odrzuciła je i miesiąc później wycofała się z ligi.,
, Bez konsultacji z kolegami zaproponowali Włochom i Etiopii ugodę obliczoną na maksymalne zadowolenie najeźdźcy. Choć istniejące sankcje przeciągały się przez kilka miesięcy, nie mogły zapobiec włoskiemu zwycięstwu. W maju 1936 Włochy anektowały Etiopię, a w lipcu Zgromadzenie położyło kres sankcjom, choć nadal traktowało Etiopię jako niezależnego członka Ligi.