St Barnabas Hospital, pierwotnie znany jako dom dla nieuleczalnych, został założony w 1866 przez wielebnego Washingtona Rodmana, z Kościoła Episkopalnego Grace w West Farms, Bronx. Szpital stał się pierwszym szpitalem chorób przewlekłych i mieścił się w skromnym domu szkieletowym i mógł obsługiwać 33 pacjentów. Szpital przeniósł się do obecnej lokalizacji na Third Avenue w 1874 roku, gdzie do 1911 roku mógł pomieścić 300 łóżek., Wsparcie dla szpitala non-profit pochodziło od nowojorskiego społeczeństwa, w tym Cornelius Vanderbilt( który służył w zarządzie szpitala), John Jacob Astor, Theodore Roosevelt i Frederick Law Olmsted. W latach 1926-1931 Szpital dobudował do szpitala trzy nowe budynki, a w 1947 Szpital zmienił nazwę na St Barnabas Hospital. W 1969 roku Kościół św. Barnaba wybudował 6-piętrowe skrzydło zachodnie ze 188 łóżkami, stołówką i kuchnią. Dom Opieki St Barnabas został założony w 1972 roku i znajduje się na kampusie szpitala przy 2175 Quarry Rd.

w 1983 roku Dr, Ronald Gade został awansowany na prezesa szpitala z ordynatora radiologii i pracował, aby szpital był bardziej efektywny w opiece nad pacjentami. Zmniejszył liczbę personelu, zniechęcił do długich pobytów w szpitalu i znacznie zwiększył dochody z Medicaid z powodu ulepszeń. Jego wdrożenia w St Barnabas rzuciły wyzwanie placówce medycznej, tworząc rewolucję zarządzania opieką w amerykańskiej medycynie. Pod koniec lat 90. Szpital wygrał dwa kontrakty miejskie o wartości prawie 450 milionów dolarów, jeden na zapewnienie lekarzy dla Lincoln Hospital w południowym Bronksie, drugi na opiekę nad więźniami na Rikers Island., W 1990 roku szpital otrzymał oznaczenie państwowe jako centrum urazowe poziomu 2 i stworzył Centrum AIDS i Centrum udaru mózgu.

W 2016 r. szpital stał się filią CUNY School Of Medicine, aby rekrutować mniejszości niedostatecznie reprezentowane w medycynie, zwiększać opiekę medyczną w słabo obsługiwanych społecznościach i zwiększać liczbę lekarzy podstawowej opieki zdrowotnej.