Margaret nie miała tyle szczęścia. Jej małżeństwo z Angusem nie zostało dobrze przyjęte przez innych szkockich szlachciców, z których część była zazdrosna o to, co uważali za jego dojście do władzy, a frakcja szlachty, która wspierała długą historię dobrych stosunków Szkocji z Francją, chciała zastąpić Małgorzatę Johnem Stewartem, księciem Albany., Albany był kuzynem Jakuba IV, jego ojciec Alexander Stewart był synem Jakuba II i bratem Jakuba III, a w razie śmierci synów Jakuba IV był prawowitym następcą tronu Szkockiego.

Albany spędził całe życie we Francji, a szkocka szlachta chciała, aby wrócił do Szkocji i poprowadził wojsko kraju jeszcze przed drugim małżeństwem Małgorzaty., Albany przybył w 1515 roku i Małgorzata została zmuszona do przekazania regencji i jej dwóch synów; musiała być przerażona o ich bezpieczeństwo, gdy jej wujowie, książęta w wieży, zniknęli, gdy byli pod opieką Ryszarda III. Albany traktował jednak Małgorzatę z wielkim szacunkiem i nie interesował się uzurpacją tronu.

mimo to, zachęcona przez brata, Małgorzata podjęła decyzję o ucieczce ze Szkocji latem 1515 roku. Ona i Angus szukali schronienia u lorda Dacre ' A, angielskiego naczelnika marszów, gdzie w październiku urodziła ich córkę, Margaret Douglas., Dopiero gdy wyzdrowiała z męki, jaką było narodziny, udała się na południe do Londynu i dworu swojego brata, podczas gdy Angus wrócił do Szkocji.

Małgorzata przebywała w Anglii nieco ponad rok, dopóki Albany nie wrócił do Francji, aby zobaczyć się z rodziną. Jako siostra Henryka była idealną kandydatką do pracy na korzyść Anglii ze stanowiska znacznej władzy w Szkocji., Niestety, jej młodszy syn, Alexander, zmarł podczas jej nieobecności, ale szkoccy lordowie zgodzili się, że miała mieć dostęp do Jamesa tyle, ile chciała, jak również jej prawa do dziedziczenia.

chociaż musiała być szczęśliwa, że znów spotkała się z synem, jej szczęście małżeńskie nie przetrwało, gdy wróciła do Szkocji, aby odkryć, że Angus Mieszka z inną kobietą i wykorzystuje pieniądze Margaret, aby ją zatrzymać. Odmówiła ponownego zamieszkania z mężem i domagała się rozwodu lub unieważnienia małżeństwa., Jak na ironię, Henry był zgorszony, że jego siostra pomyśli o zakończeniu małżeństwa-zwłaszcza, że Angus miał poglądy pro-angielskie-i wspierał swojego szwagra, a nie ją.

Kiedy Albany wrócił do Szkocji w 1521 roku, on i Margaret rozwinęli tak silne stosunki robocze, że niektórzy uważali, że mają romans., Albany wysłał Angusa do Francji, a Henry obawiał się, że jego siostra wesprze wpływy Francji w Szkocji nad Anglią, ale w 1523 Angus uciekł z Francji na dwór angielski, gdzie lojalnie służył interesom Henryka w Szkocji aż do śmierci króla w 1547.

szkoccy lordowie, którzy sprzeciwiali się regencji Albany ' ego, byli usatysfakcjonowani, gdy James został ogłoszony królem w wieku 12 lat, a nie 14, Jak to zwykle miało miejsce w Szkocji w tym czasie, aby rządzić pod przewodnictwem matki i pod nadzorem rotacyjnej grupy szkockich Lordów, z których jednym był Angus., Albany szczęśliwie wrócił do Francji, zostawiając Małgorzatę na rozprawie z mężem, który ją rozwścieczył, gdy ten odmówił przekazania nadzoru nad królem następnemu Lordowi, a James został w zasadzie uwięziony przez swojego ojczyma na trzy lata.

Albany nadal popierał Małgorzatę nad Angusem, jednak podczas niewoli Jakuba Albany wysunął w Rzymie sprawę o unieważnienie małżeństwa Małgorzaty. Ku uciesze Małgorzaty unieważnienie małżeństwa zostało przyznane, co było najlepsze, biorąc pod uwagę, że mieszkała już z mężczyzną, który miał zostać jej trzecim mężem, Henry ' m Stewartem, 1.Lordem Methvenem., Pomimo dezaprobaty Jamesa szybko pobrali się, gdy ogłoszono unieważnienie małżeństwa i zamieszkali w Stirling, gdy 16-letni James zdołał uciec ze szponów Angusa i tam uciekł. Angus i siostra Jamesa, Margaret Douglas, zostali wygnani i udali się do Anglii, po czym Małgorzata już nigdy nie zobaczyła córki.