Inkvisisjonen på topp
The grand inkvisitor fungerte som leder av Inkvisisjonen i Spania. Den kirkelige jurisdiksjon som han hadde mottatt fra roma styrket ham, for å nevne varamedlemmer og høre appeller. I å avgjøre klager, grand inkvisitor ble assistert av et råd bestående av fem medlemmer og ved consultors. Alle disse kontorene var fylt av avtalen mellom regjeringen og grand inkvisitor., Rådet, spesielt etter sin omorganisering i løpet av regimet til Filip II (1556-98), sette effektiv kontroll av institusjonen mer og mer i hendene på den sivile makt. Etter pavedømmet av Klemens VII (1523-34), prester og biskoper var til tider dømt av Inkvisisjonen. I prosedyren den spanske Inkvisisjonen var mye som middelalderske inkvisisjonen. Den første grand inkvisitor i Spania var den Dominikanske Tomás de Torquemada; hans navn ble synonymt med brutalitet og fanatisme forbundet med Inkvisisjonen., Torquemada brukt tortur og inndragning til å terrorisere sine ofre, og hans metoder var et produkt av en tid da rettslig prosedyre var grusom av design. Den straffeutmålingen av de tiltalte fant sted på auto-da-fé (portugisisk: «act of faith»), en forseggjort offentlig uttrykk for Inkvisisjonen er makt. Fordømte ble presentert foran en stor folkemengde som ofte inkludert royalty, og saken hadde en rituelle, nesten festlig, kvalitet., Antall flammer på bålet under Torquemada ‘ s tid var overdrevet av Protestantiske kritikere av Inkvisisjonen, men det er generelt antatt å ha vært ca 2000.
På Torquemada er oppfordret, Ferdinand og Isabella utstedt et edikt på Mars 31, 1492, noe som gir spanske Jødene valg av eksil eller dåp, som et resultat, mer enn 160,000 Jøder ble utvist fra Spania. Francisco, Kardinal Jiménez de Cisneros, fremmet undertrykkelse av Muslimer med den samme iver som Torquemada var rettet mot Jødene. I 1502 han beordret forbud av Islam i Granada, den siste av de Muslimske rikene i Spania for å falle til Reconquista. Forfølgelse av Muslimer akselerert i 1507 når Jiménez ble kalt grand inkvisitor., Muslimer i Valencia, er apartamento Aragon ble utsatt for tvungen konvertering i 1526, og Islam ble senere forbudt i Spania. Inkvisisjonen deretter viet sin oppmerksomhet til de Moriscos, spansk Muslimer som tidligere hadde akseptert dåp. Uttrykk av Morisco kultur ble forbudt av Philip II i 1566, og innen tre år, forfølgelse av Inkvisisjonen, banet vei for en åpen krig mellom de Moriscos og den spanske kronen. De Moriscos ble drevet fra Granada i 1571, og ved 1614 rundt 300 000 hadde blitt utvist fra Spania helt.,
Når Reformasjonen begynte å trenge inn i Spania, er det relativt få som spansk Protestanter ble eliminert av Inkvisisjonen. Utlendinger som er mistenkt for å fremme Protestantiske trossamfunn i Spania møtt på samme måte voldsom ende., Etter å ha stor grad ryddet landet for Jøder og Muslimer—så vel som mange tidligere medlemmer av de trossamfunn som hadde konvertert til Kristendommen—den spanske Inkvisisjonen vendt sin oppmerksomhet til fremtredende Romersk Katolikker. St. Ignatius av Loyola var to ganger arrestert, mistenkt for kjetteri, og erkebiskopen av Toledo, den Dominikanske Bartolomé de Carranza, ble fengslet i nesten 17 år., Nominelt Kristne grupper som skilte seg fra Inkvisisjonen er ortodoksi, som tilhengere av den mystiske Alumbrado bevegelse og tilhengere av Erasmianism (en spiritualized Kristen tro systemet påvirket av læren til humanist Desiderius Erasmus), ble utsatt for intens forfølgelse over hele det 16. og inn i det 17. århundre.