인간의 프로테옴에서 골수

골수가 조직 내부에서 구멍의 뼈를 구성하는 약 4%의 총체의 질량은 인간이 아니다. 빨간 골수를 구성하는 조혈 구성 요소의 골수에 대한 책임이 생산하는 조혈세포의 계보,이후 사용하여 뼈에 골수 혈관을 도관으로 몸의 조직의 순환이 있습니다., Transcriptome 분석 65%(n=12877)의 모든 인간의 단백질(n=19670)는 표현에서 골수 및 534 이러한 유전자의 보이 높은 식 골수에서 다른 조직의 형식입니다.,

534 높은 유전자
29 풍부한 유전자
135 그룹에 풍부한 유전자
골수가 가장 풍부한 그룹에서 유전자 발현을 일반적으로 혈액

골수 transcriptome

Transcriptome 분석 골수의 시각화 할 수 있습과 관련하여 특이성 및 유통의 전사 mRNA 분자니다(그림 1). 특이성은 다른 조직과 비교하여 골수에서 상승 또는 비 상승 발현을 갖는 유전자의 수를 나타낸다., 높은 표현을 포함한 세 가지 형태의 하위 범주 높은 식

조직에 풍부한다:적어도 네 가지 배 더 높은 mRNA 수준에서 골수에 비해 다른 조직에.
그룹 풍부한다:적어도 네 가지 배 더 높은 평균 mRNA 수준에서의 그룹 2-5 조직에 비교하여 다른 모든 조직입니다.
조직 강화:다른 모든 조직의 평균 수준과 비교하여 골수에서 적어도 4 배 높은 mRNA 수준.,

배포,다른 한편으로는,시각화하는 방법에는 많은 유전자가 있거나 없는 검출할 수 있는 수준으로(NX≥1)의 전사 mRNA 분자의 골수에서 다른 조직에. 으로 분명한 표 1 에서 모든 유전자에서 높은 골로 분류되:

에서 발견 단일:에서 발견 단일 조직
에서 검출되는 일부:에서 검색 하나 이상의 미만 하나의 세 번째는 조직
탐지에 많은:감지된 이상에서 세 번째 하지만 모든 조직
에서 검출된 모: 에서 검출되는 모든 조직

A., 특이성

B. 배포

림 1. (A)분포의 유전자에 걸쳐 다섯 가지 범주에 따라 내용에서 특이성 골수에서뿐만 아니라 다른 모든 조직. (B)성적 증명서 검출(nx?1)골수뿐만 아니라 다른 모든 조직에서도.

도 1 에 도시 된 바와 같이,534 개의 유전자는 다른 조직과 비교하여 골수에서 어느 정도의 상승 된 발현을 나타낸다., 다른 장기에 비해 골수에서 발현이 높은 유전자의 세 가지 범주가 표 1 에 나와 있습니다. 표 2 에서,골수에서 가장 높은 농축을 갖는 12 개의 유전자가 정의된다.

표 1. 골수에서 상승 된 발현의 세분화 된 범주에있는 유전자의 수.,div id=”e942bc20a8″>53

72 10 135 Tissue enhanced 7 83 181 99 370 Total 9 150 262 113 534

Table 2., 골수에서 가장 높은 수준의 농축 된 발현을 가진 12 개의 유전자. “조직 분포”는 성적표 검출(NX?1)골수뿐만 아니라 다른 모든 조직에서도. “mRNA(조직)”는 골수의 성적표 수준을 NX 값으로 보여줍니다. “조직의 특이성 점수(TS)”에 해당하는 겹 사이에서 변경 표현 레벨에서 골수와 조직과 함께 두 번째로 높은 표정 수준이 있습니다.,

Gene	Description	Tissue distribution	mRNA (tissue)	Tissue specificity score
CTSG	cathepsin G	Detected in many	450.3	19
OR10Z1	olfactory receptor family 10 subfamily Z member 1	Detected in single	12.,1	17
DEFA1B	defensin alpha 1B	Detected in some	734.0	15
MPO	myeloperoxidase	Detected in some	315.2	15
GYPA	glycophorin A (MNS blood group)	Detected in some	56.,9	9
RHAG	Rh associated glycoprotein	Detected in many	54.1	9
ELANE	elastase, neutrophil expressed	Detected in many	244.3	8
HBB	hemoglobin subunit beta	Detected in all	3646.,7	7
DEFA1	defensin alpha 1	Detected in some	825.5	7
DEFA4	defensin alpha 4	Detected in some	245.5	7
AZU1	azurocidin 1	Detected in some	238.2	7
HBD	hemoglobin subunit delta	Detected in many	233.,7	7

단백질 발현에 유전자의 상승에서 골수

의 심층 분석은 높은 유전자에서 골수를 사용하여 항체 단백질 기반 프로파일링 허용되 우리를 시각화하는 표현의 패턴은 이러한 단백질이다.

의 목록은 높은 유전자(n=534)은 라인에서의 기능과 골수를,그것이 포함되어 있 overrepresentation 의 단백질과 관련된 면역 반응,백혈구의 마이그레이션과 호흡., 중 유전자와 최고 수준의 풍부한 식 골수(표 2)의 다섯 개의 인코딩은 단백질로 알려진 기능에 호중구 및 monocytes(AZU1,CTSG,DEFA4,선택 및 MPO). 다른 두 가지 높은 단백질은 인코딩된 림프구(DEFA1,DEFA1B)및 네 개의 유전자를 인코딩을 위한 단백질 적혈구 기능(HBB,HBD;모두는 헤모글로빈 단백질,GYPA,본질적인 막 단백질 및 RHAG,의 일부가 될 것으로 생각 막 채널을 전송하는 암모늄 및 이산화탄소)., 모두 호중구과 적혈구 도달 성숙에서 골수 및 출시되는 혈류에 이펙터 세포를 갖추고,필요한 단백질을 위해 그들의 전문화된 기능이다. 결과적으로,상응하는 유전자의 높은 수준의 전사가 골수에서 일어나 표 2 에서 볼 수있는 높은 TS-점수를 설명합니다.

단백질이 풍부한 식 granulocytes

게다가 적혈구조성 세포와 응집,다형 백혈구 세포에서 특정한 세포의 호 혈통에,대부분의 조혈세포에서 골수입니다., CTSG(Cathepsin G)와 DEFA4(Defensin alpha4)는 골수 내에서 상승 된 유전자 중 두 가지입니다. 그들은 호중구에서 발현되고 박테리아에 대한 방어에 관여하는 것으로 알려져 있습니다. PRTN3(Proteinase-3),호중구 세린 프로테아제(NSPs)는 기능면에서 다른 두 NSPs(CTSG 및 ELANE)와 다릅니다. Proteinase-3 가 또한 골수 분화 과정에서 피드백 조절제 역할을한다는 예가 있습니다. CTSG,PRTN3 및 DEFA4 에 대한 단백질 프로파일은 과립구의 강한 염색을 나타낸다.,

CTSG
PRTN3
DEFA4

단백질이 풍부한 식 monocytes

과립 마스트 세포 및 agranulocytic 세포에 존재하는 숫자보다에서 호 중구 골수입니다. MCEMP1,상당히 새롭거나 유전자를 발견하여 인코딩 single-pass transmembrane protein 표현에서 인간의 돛대포,표시하는 그룹이 풍부 표현에서 골수와 함께 폐 부록. RNA-seq 데이터는 폐의 폐포 대 식세포뿐만 아니라 골수 및 부록의 세포 하위 집합에서 양성과 함께 면역 조직 화학에 의해 뒷받침됩니다.,

MCEMP1-골수
MCEMP1-폐
MCEMP1-부록

유전자 발현을 공유 사이 골수와 다른 조직

있 135 그룹에 풍부한 유전자 표현에서 골수입니다. 그룹에 풍부한 유전자를 정의된 유전자를 보여주는 4 배 더 높은 평균 수준의 mRNA expression 의 그룹에서 2-5 조직을 포함하여 골수에 비해,모든 다른 조직에.,

에서 순서를 설명하기 위해 관련의 골수를 조직하는 다른 조직의 형태,네트워크 플롯을 생성,표시하는 유전자의 수와 공유 식 간의 다른 조직의 형식입니다.

그림 2. 골수 농축 및 그룹 농축 유전자의 대화 형 네트워크 플롯은 각각의 농축 조직(회색 원)에 연결됩니다. 빨간색 노드는 골수 농축 유전자의 수를 나타내고 주황색 노드는 그룹이 농축 된 유전자의 수를 나타냅니다., 빨간색 및 주황색 노드의 크기는 노드 내에 표시되는 유전자의 수와 관련이 있습니다. 각 노드는 클릭 할 수 있으며 강조 표시된 가장자리에 연결된 모든 농축 유전자 목록이 표시됩니다. 네트워크로 제한된 그룹의 풍부한 유전자 조합을 3 개까지의 조직,그러나 결과 목록을 보여 완전한 설정 그룹의 풍부한 유전자의 특정 조직입니다.,

그룹들 사이에서 풍부한 유전자의 골수에서 우리는 두 발견 유전자,S100A12(S100calcium binding protein A12)및 IGLL1(면역 글로불린 lambda 같은 폴리펩타이드는 1)표시 풍부한 식 림프 조직 및 testis,각각합니다. S100A12 는 호중구와 대 식세포 모두에서 구성 적으로 발현되고 활성화 된 호중구에 의해 분비되는 상당히 잘 특성화 된 칼슘 결합 proinflammatory 단백질입니다., S100A12 의 면역 조직 화학적 염색은 RNA-seq 데이터 및 문헌과 일치하여 골수 및 말초 림프 조직에서 강한 양성을 나타낸다.

S100A12-골수
S100A12-비

IGLL1 덜 알려진 유전자는 인코딩하기 위해 단백질 표현전-B-세포 및 프로 B-cells. 면역 조직 화학은 RNA-seq 데이터에 의해 뒷받침되는 골수 및 고환에서 세포질 염색을 나타낸다.,

IGLL1-골수
IGLL1-testis

주요 기능의 골수를 유지하는 일정한 수준의 서로 다른 혈 세포는 말초혈액,즉,적혈구 생성,백혈구 응집. 골수는 또한 간과 비장과 함께 노화 된 적혈구의 분해에 기여합니다.

골 수직

골수로 나누어 빨간색과 노란색,지역에 의해 발생의 우위를 하거나 조혈이 풍부한(red)또는 지방이 풍부한(노란색)조직입니다., 빨간 골수성이 높은 혈관 stromal 네트워크 포함하는 만능과 위한 줄기 세포의 모든 조혈 계통,즉,적혈구,백혈구 응집. 면 적혈구 및 백혈구 개발 단계에서의 선구자,응집,작은 혈액 셀 조각에 관련된 응고,에서 발생하는 거대한 골수세포 이라는 없으며. 대조적으로,황색 골수를 포함 엽는 줄기 세포로 분화는 여러 stromal 계보,등 chondrocytes,osteoblasts,게재 및 adipocytes.,

출생시와 7 세경까지 새로운 혈액 형성의 필요성이 높기 때문에 모든 인간 골수는 적색입니다. 지방 조직을 점차적으로 대체합 빨간 골수하는 성인에서 주로 발견되는 평지에서 뼈와 같은 척추,장골,가슴과 두개골에서뿐만 아니라 골단 끝의 오래 뼈의 팔과 다리입니다.

그림 3. 골수 조직의 개략도. 저작자 표시:Mysid 로,위키 미디어 공용 통해., 출처

자세한 이미지와 정보를 포함한 인간 골수의 조직학은 단백질 아틀라스 조직학 사전에서 볼 수 있습니다.

배

여기에서 단백질을 코딩하는 유전자 표현에서 골 수명 및 특징과 함께,예의 에 대 한 immunohistochemically 묻은 조직 단면도는 시각화 해당하는 단백질이 식 패턴의 유전자를 가진 높은 표현에서 골수입니다.,

성적 증명서 프로파일링 기반의 조합에 세 transcriptomics 데이터 집합(HPA,GTEx 및 FANTOM5 에 해당하는,총 483 샘플 37 에서 다른 인간의 정상 조직이 유형이 있다. 최종 합의 정규화 식(NX)값은 각 조직이 유형의 분류에 대한 모든 유전자에 따라 조직을 특정 식으로 두 개의 다른 카테고리에 따라,특이성 또는 배포합니다.

Yakaranda

골수-특정 프로테옴