az inkvizíció csúcsán
A Nagy Inkvizítor Spanyolországban az inkvizíció vezetőjeként működött. Az egyházi joghatóság, amelyet a Vatikántól kapott, felhatalmazta arra, hogy képviselőket nevezzen meg, és fellebbezéseket hallgasson meg. A fellebbezések elbírálásában a nagy Inkvizítort egy öttagú Tanács és konzulok segítették. Az összes Hivatalt a kormány és a Nagy Inkvizítor megállapodása töltötte be., A tanács, különösen a II. Fülöp (1556-98) uralkodása alatt történt átszervezése után, egyre inkább a polgári hatalom kezébe helyezte az intézmény hatékony ellenőrzését. Clement VII (1523-34) pápasága után a papokat és a püspököket időnként az inkvizíció bírálta. Az eljárás során a spanyol inkvizíció hasonló volt a középkori inkvizícióhoz. Spanyolország Első nagy inkvizítora a Dominikai Tomás de Torquemada volt; neve az inkvizícióval kapcsolatos brutalitás és fanatizmus szinonimájává vált., Torquemada kínzással és elkobzással terrorizálta áldozatait, módszerei pedig annak az időszaknak a termékei voltak, amikor a bírósági eljárás szándékosan kegyetlen volt. A vádlott büntetése az auto-da-fé-ben (portugálul: “hit cselekedete”) történt, amely az inkvizíció hatalmának bonyolult nyilvános kifejezése. Az elítélteket egy nagy tömeg előtt mutatták be, amely gyakran tartalmazott jogdíjat, az eljárás ritualizált, szinte ünnepi minőségű volt., Torquemada hivatali ideje alatt a téten lévő égések számát eltúlozták az inkvizíció protestáns kritikusai, de általában becslések szerint körülbelül 2000 volt.
Archivo Mas, Barcelona
Torquemada sürgetésére Ferdinand és Isabella 1492.március 31-én kiadott egy rendeletet, amely a spanyol zsidóknak a száműzetés vagy a keresztség megválasztását adta; ennek eredményeként több mint 160 000 zsidót kiutasítottak Spanyolországból. Francisco, Jiménez de Cisneros bíboros ugyanolyan buzgalommal támogatta a muszlimok elnyomását, mint Torquemada a zsidókra irányult. 1502-ben elrendelte, hogy a spanyolországi muszlim királyságok közül az utolsó Granadai Iszlám proszkripciója a Reconquista alá kerüljön. A muszlimok üldözése 1507-ben felgyorsult, amikor Jiménezt nagy inkvizítornak nevezték el., A Valenciai és Aragóniai muszlimokat 1526-ban kényszerkonverziónak vetették alá, majd Spanyolországban betiltották az iszlámot. Az inkvizíció ezután felhívta a figyelmet a Moriszkókra, a spanyol muszlimokra, akik korábban elfogadták a keresztséget. Fülöp 1566-ban megtiltotta a Morisco-kultúra kifejezését, és három éven belül az inkvizíció üldözése lehetőséget adott a Moriszkók és a spanyol korona közötti nyílt hadviselésre. A Moriszkókat 1571-ben Granadából hurcolták el, és 1614-re mintegy 300 000-et teljesen kiűztek Spanyolországból.,
amikor a reformáció behatolni kezdett Spanyolországba, a viszonylag kevés spanyol Protestánsot az inkvizíció eliminálta. A spanyolországi protestáns hitek előmozdításával gyanúsított külföldiek hasonlóan erőszakos véget értek., Miután nagyrészt megtisztította a zsidók és muzulmánok országát—valamint a kereszténységre áttért hitek sok korábbi tagját -, a spanyol inkvizíció a kiemelkedő római Katolikusokra fordította figyelmét. A Loyolai Szent Ignácot kétszer is letartóztatták eretnekség gyanújával, Toledo érsekét, a Dominikai Bartolomé de Carranza-t pedig majdnem 17 évre bebörtönözték., Névlegesen Keresztény csoportok eltért az Inkvizíció ortodoxia, mint a követői a misztikus Alumbrado mozgalom hívei Erasmianism (spiritualizált Keresztény hitrendszer befolyásolja a tanításai humanista Desiderius Erasmus), voltak kitéve, intenzív üldöztetés a 16., illetve a 17.században.