Margaret nem volt annyira szerencsés. A házasság Angus nem jól fogadta a másik Skót nemesek is, akik féltékenyek voltak, hogy mit érzékelhető, hogy a hatalom, a frakció a nemesek, akik támogatott Skócia régóta jó kapcsolatot Franciaország akartam Margaret helyébe John Stewart, Albany Herceg., Albany volt James IV unokatestvére, saját apja Alexander Stewart miután fia James II és testvére James III, és ha James IV fiai meghalnak ő volt a jogos örököse a skót trónra.

Albany egész életét Franciaországban töltötte, és a skót nemesek azt akarták, hogy még Margit második házassága előtt visszatérjen Skóciába és vezesse az ország hadseregét., Albany 1515-ben érkezett, Margit pedig kénytelen volt átadni uralmát és két fiát; biztos megijedt a biztonságuk miatt, amikor saját nagybátyjai, a toronyban lévő hercegek eltűntek, miközben III. Albany azonban nagy tisztelettel bánott Margarettel, és úgy tűnt, nem érdekli a trón bitorlása.

még így is, testvére bátorítására, Margaret úgy döntött, hogy 1515 nyarán elmenekül Skóciából. Ő és Angus menedéket kerestek Lord Dacre-nál, a felvonulások angol igazgatójánál, ahol októberben megszületett lányuk, Margaret Douglas., Csak akkor, amikor felépült a megpróbáltatásokból, a szülés az volt, hogy dél felé indult Londonba és testvére udvarába, miközben Angus visszatért Skóciába.

Margaret alig több mint egy évig Angliában maradt, amíg Albany visszatért Franciaországba, hogy megnézze családját, és megállapodtak abban, hogy visszatér. Henry nővéreként tökéletes jelölt volt arra, hogy Anglia javára dolgozzon egy Skóciában jelentős hatalommal bíró pozícióból., Sajnos, fiatalabb fia, Alexander, meghalt távolléte alatt, de a skót Lordok egyetértettek abban, hogy annyi hozzáférést kell biztosítani Jameshez, amennyit csak akart, valamint a dower jogait.

bár boldog lehetett, hogy újra együtt lehet a fiával, a házassági boldogsága nem tartott sokáig, amikor visszatért Skóciába, hogy felfedezze, Angus egy másik nővel él, és Margaret pénzét használja, hogy megtartsa. Nem volt hajlandó újra a férjével együtt élni, és vagy válást, vagy érvénytelenítést kért., A sors iróniája, Henry volt botrány, hogy a nővére azt gondolja, hogy vessen véget a házassága-különösen Angus volt pro-England nézetek magát -, és támogatta a sógora helyett neki.

amikor Albany 1521-ben visszatért Skóciába, Margarettel olyan erős munkakapcsolatot alakított ki, hogy egyesek azt hitték, viszonyuk van., Albany Angust Franciaországba küldte, Henrik pedig attól tartott, hogy nővére támogatni fogja Franciaország befolyását Skóciában Anglia felett, de 1523-ban Angus Franciaországból az angol udvarba menekült, ahol hűségesen szolgálta Henrik érdekeit Skóciában a király 1547-es haláláig.

az Albany regenciáját ellenző skót urak elégedettek voltak, amikor Jamest 12 éves korában saját jogán királynak nyilvánították, nem pedig 14, mint általában Skóciában ebben az időben, hogy anyja vezetésével uralkodjon, és a skót urak forgó csoportjának felügyelete alatt-akik közül az egyik Angus volt., Albany boldogan visszatért Franciaországba, így Margaret foglalkozik a férjével, aki feldühítette őt, amikor nem volt hajlandó átadni a király felügyeletét a következő Úrnak, Jakabot pedig mostohaapja lényegében három évig fogságban tartotta.

Albany továbbra is támogatta Margaretet Angus felett, mivel James fogsága alatt Albany előterjesztette Margaret érvénytelenítési ügyét Rómában. Margaret nagy örömére a megsemmisítés megadták, ami a legjobb figyelembe véve ő már él a férfi, aki lesz a harmadik férje, Henry Stewart, 1st Lord Methven., James rosszallása ellenére gyorsan összeházasodtak, amikor bejelentették a megsemmisítést, és Stirlingben laktak, amikor a 16 éves Jamesnek sikerült elmenekülnie Angus karmai közül, és oda menekült. Angust és James húgát, Margaret Douglast száműzték és Angliába mentek, majd Margaret soha többé nem látta a lányát.