bár a veleszületett Horner-szindróma családokban átadható, nem azonosítottak kapcsolódó géneket. A Horner-szindróma, amely az újszülött időszak után jelentkezik (szerzett Horner-szindróma), a veleszületett Horner-szindróma legtöbb esetben az idegek károsodásából ered, amelyet nyaki szimpatetikának neveznek. Ezek az idegek az idegrendszer azon részéhez tartoznak, amely szabályozza az önkéntelen funkciókat (az autonóm idegrendszert). Az autonóm idegrendszeren belül az idegek a szimpatikus idegrendszernek nevezett felosztás részét képezik., A nyaki szimpatikus idegek több funkciót irányítanak a szemben és az arcon, például a pupilla kitágulását és a verejtékezést. Ezen idegek működésével kapcsolatos problémák a Horner-szindróma jeleit és tüneteit okozzák. A Horner-szindróma, amely az élet nagyon korai szakaszában fordul elő, iris heterochromia kialakulásához vezethet, mivel az írisz pigmentációjának (színezésének) kialakulása a nyaki szimpatikus idegek ellenőrzése alatt áll.,
a nyaki szimpatikus idegek károsodását az idegek közvetlen sérülése okozhatja, amely nehéz születés, műtét vagy véletlen sérülés során bekövetkező trauma következménye lehet. A Horner-szindrómához kapcsolódó idegeket jóindulatú vagy rákos daganat is károsíthatja, például az idegszövetek gyermekkori rákja, amelyet neuroblasztómának neveznek.,
a Horner-szindróma is okozott problémákat a artéria, hogy szállítja a vért, hogy a fej-nyak (a nyaki verőér
) az érintett oldalon, ami a veszteséget a vér áramlását az idegeket. Néhány veleszületett Horner-szindrómában szenvedő személynek hiányzik a carotis artéria fejlődése (agenesis). A carotis artéria falának rétegeinek szakadása (carotis artéria disszekció) Horner-szindrómához is vezethet.
a Horner-szindróma jelei és tünetei migrénes fejfájás esetén is előfordulhatnak., Amikor a fejfájás elmúlik, a Horner-szindróma jelei és tünetei általában szintén eltűnnek.
néhány Horner-szindrómás embernek nincs olyan ismert problémája, amely idegkárosodáshoz vezetne, sem a rendellenesség kórtörténetében a családjában. Ezeket az eseteket idiopátiás Horner-szindrómának nevezik.