Befolyás az amerikai diplomáciára

Marshall diplomáciai karrierjét az Adams elnök által 1797-ben Talleyrand Francia külügyminiszterrel folytatott tárgyalásokra kinevezett három követ egyikeként kezdte. A küldetés kudarcba fulladt, ami az XYZ-ügyhöz és a kvázi háborúhoz vezetett Franciaországgal. Ennek ellenére Marshall magatartása és a botrányról való tudósítása személyes diadalmenetgé változtatta a diplomáciai kudarcot, miközben hírneve otthon szárnyalt.,

külügyminiszterként Marshall kevésbé volt pártos és lojálisabb Adams elnökhöz, mint Pickering volt. Adams jelentős felhatalmazást adott Marshallnak a külügyek felett, különösen azután, hogy Adams elhagyta az újonnan létrehozott Nemzeti fővárost Washingtonban egy nyolc hónapos Massachusetts-i tartózkodásra. Marshall tisztelete Adams-hez tovább határozta meg az államtitkár pozícióját, mint az elnök politikai alárendeltjét, nem pedig a Pickering által elképzelt független hivatalt.,

Marshall miniszter egy kritikus időszakban az európai hatalmak nem megfelelő politikáját állította helyre. Szakított más Föderalistákkal, például Alexander Hamiltonnal, és támogatta a folyamatos tárgyalásokat Franciaországgal a megalázó XYZ-ügy után. Támogatta az Egyesült Államok és Franciaország közötti 1800-as egyezményt, amely végül véget vetett a két ország közötti, be nem jelentett haditengerészeti háborúnak. Nagy-Britanniával szemben Marshall tiltakozott a brit haditengerészet törvénytelen lefoglalása ellen az amerikai hajózás és az USA nyomására., a tengerészek, valamint a brit bíróságok tolerálják a kalózkodást az amerikai kereskedelmi hajók ellen. Felismerve az amerikai haditengerészeti hatalom korlátait, Marshall begrudgingly jóváhagyta a folyamatban lévő kifizetéseket a Barbary kalózoknak, akik folytatták az amerikai kereskedelmi hajók támadását. Frusztrációt is tapasztalt, amikor tárgyalásokat folytatott a spanyolokkal, akik figyelmen kívül hagyták az amerikai semlegességi jogokat, és tiltakoztak a spanyol-amerikai gyarmatellenes felkelések amerikai támogatása ellen.