Margaret ei ollut aivan niin hyvä tuuri. Hänen avioliittonsa Angus ei ollut hyvin vastaan muut Skottilaiset aateliset, joista jotkut olivat kateellisia, mitä he koetaan olevan hänen nousta valtaan, ja ryhmittymän aateliset, jotka tukivat Skotlanti on pitkään ollut hyvät suhteet Ranskaan Margaret halusi korvata John Stewart, Duke of Albany., Albany oli James IV: n serkku, hänen isänsä Alexander Stewart on ollut poika James II ja veli James III, ja olisi James IV: n pojat kuolla hän oli laillinen perillinen Skotlannin valtaistuimelle.

Albany oli viettänyt koko elämänsä Ranskassa ja skotlantilaiset aateliset olivat halunneet hänen palaavan Skotlantiin ja johtavan maan armeijaa jo ennen Margareetan toista avioliittoa., Albany saapui vuonna 1515, ja Margaret oli pakko luovuttaa hänen regency, ja hänen kaksi poikaansa; hän on pelännyt turvallisuutensa puolesta, kun hänen oma sedät, mukaan Prinssit, katosi, kun alle Richard III: n hoitoa. Albany kuitenkin kohteli Margaretia hyvin kunnioittavasti eikä näyttänyt olevan kiinnostunut valtaistuimen anastamisesta.

jopa niin, veljensä rohkaisemana Margaret teki päätöksen paeta Skotlannista kesällä 1515. Hän ja Angus haetaan turvaa Herran Dacre, englanti Warden Marsseja, missä, lokakuussa, hän synnytti heidän tyttärensä Margaret Douglas., Vasta kun hän oli toipunut koettelemuksesta, synnytys oli ollut, että hän suuntasi etelään Lontooseen ja veljensä hoviin Anguksen palatessa Skotlantiin.

Margaret jäi Englannissa hieman yli vuoden, kunnes Albany palasi Ranskaan tapaamaan perhettään, ja järjestelyt tehtiin hänen palata. Kuten Henryn sisko, hän oli täydellinen ehdokas työskennellä Englannin puolesta kantaa huomattavasti valtaa Skotlannissa., Valitettavasti, hänen nuorempi poikansa, Alexander, oli kuollut hänen poissa ollessaan, mutta Skotlannin herrojen sopineet, että hän oli antanut niin paljon pääsy James, koska hän halusi sekä hänen dower oikeuksia.

Vaikka hän on ollut iloinen voidessani olla jälleen yhdessä hänen poikansa, hänen avio-onni ei ollut viime kun hän palasi Skotlantiin kohteessa Angus asui toisen naisen kanssa ja käyttäen Margaret on rahaa pitää hänelle. Hän kieltäytyi jälleen asumasta miehensä kanssa ja haki joko avioeroa tai mitätöintiä., Ironista kyllä, Henry oli kuohuttanut, että hänen sisarensa olisi ajatella loppuun hänen avioliittonsa – erityisesti, koska Angus oli pro-Englannissa näkemyksiä itse – ja tukee hänen veljensä-in-law, eikä hänen.

Kun Albany palasi Skotlantiin vuonna 1521, hän ja Margaret kehitetty niin vahva työsuhteen, että jotkut ihmiset uskoivat, että heillä oli suhde., Albany lähetti Angus Ranskaan, ja Henry huolissaan siitä, että hänen sisarensa olisi tukea Ranskan vaikutusvaltaa Skotlannissa yli Englannin, mutta vuonna 1523 Angus pakeni Ranska, englanti tuomioistuin, jossa hän uskollisesti palveli Henry etuja Skotlannissa, kunnes kuninkaan kuolema vuonna 1547.

Skotlannin herrojen, jotka vastustivat Albany on regency olivat tyytyväisiä, kun James oli voimakas kuningas omassa oikeassa. klo 12-vuotias, eikä 14, kuten oli tapana Skotlannissa tällä hetkellä, sääntö ohjausta hänen äitinsä ja valvonnassa pyörivä ryhmä Skotlannin herrojen – joista yksi oli Angus., Albany onnellisesti palasi Ranskaan, jolloin Margaret käsitellä hänen miehensä, joka raivostutti häntä, kun hän kieltäytyi siirtää valvonnan kuningas seuraavaan herra ja James oli lähinnä vankina hänen isäpuolensa kolme vuotta.

Albany jatkoi kuitenkin Margareetan tukemista Anguksen yllä, sillä Jaakobin vankeuden aikana Albany esitti Margareetalle kumoamiskanteen Roomassa. Paljon Margaretin iloksi mitätöinti myönnettiin, mikä oli parasta ottaen huomioon, että hän asui jo miehen kanssa, josta tulisi hänen kolmas aviomiehensä, Henry Stewart, 1. Lordi Methven., Jaakobin paheksunnasta huolimatta he menivät nopeasti naimisiin, kun mitätöinti ilmoitettiin, ja asuivat hämmentyneinä, kun 16-vuotias Jaakob onnistui pakenemaan Anguksen kynsistä ja pakeni sinne. Angus ja Jamesin sisko, Margaret Douglas, karkotettiin ja meni Englantiin, jonka jälkeen Margaret ei koskaan nähnyt hänen tyttärensä uudelleen.