luuytimen transcriptome

Transcriptome analyysi luuytimen voidaan visualisoida osalta spesifisyys ja jakelu puhtaaksi mRNA-molekyylejä (Kuva 1). Spesifisyys kuvaa niiden geenien määrää, joiden ilmentymä luuytimessä on koholla tai ei-koholla verrattuna muihin kudoksiin., Kohonnut ilmaus sisältää kolme alaluokkaa tyyppisiä kohonnut ilme:

• Kudos rikastettu: vähintään neljä kertaa suurempi mRNA-tasolla luuytimen verrattuna muihin kudoksiin.
• ryhmä rikastettu: vähintään nelinkertainen keskimääräinen mRNA-taso 2-5 kudoksen ryhmässä verrattuna mihinkään muuhun kudokseen.
• kudosten paraneminen: vähintään nelinkertainen mRNA-pitoisuus luuytimessä verrattuna kaikkien muiden kudosten keskimääräiseen tasoon.,

Jakelu, toisaalta, visualisoi, kuinka monta geenit, jotka ovat, tai eivät ole, havaittavia tasoja (NX≥1) ja litteroitiin mRNA-molekyylejä luuytimessä verrattuna muihin kudoksiin. Kuten näkyy Taulukosta 1, kaikki geenien kohonnut luuytimen on luokiteltu:

• Havaitaan yhden: Havaittu yksittäinen kudos
• Havaita joitakin: Havaittu enemmän kuin yksi, mutta vähemmän kuin yksi kolmasosa kudosten
• Havaitaan monia: Havaittu ainakin kolmas mutta ei kaikki kudokset
• Havaittu kaikki: Havaittu kaikissa kudoksissa

Kuva 1. (A) kaikkien geenien jakautuminen viiteen luokkaan perustuen transkriptiospesifisyyteen luuytimessä sekä kaikissa muissa kudoksissa. B) kaikkien geenien jakautuminen kuuteen luokkaan perustuen transkriptiotunnistukseen (NX?1) luuytimessä sekä kaikissa muissa kudoksissa.

kuten kuvassa 1 on esitetty, 534 geeniä osoittaa jonkin verran kohonnutta ilmentymistä luuytimessä verrattuna muihin kudoksiin., Taulukossa 1 esitetään kolme geeniluokkaa, joiden ilmentymä luuytimessä on suurentunut muihin elimiin verrattuna. Taulukossa 2 on määritelty ne 12 geeniä, joilla on eniten virikkeitä luuytimessä.

Taulukko 1. Geenien lukumäärä luuytimessä esiintyvien lisääntyneiden ilmentymien jaotelluissa luokissa.,div id=”e942bc20a8″>53

72 10 135 Tissue enhanced 7 83 181 99 370 Total 9 150 262 113 534

Table 2., 12 geeniä, joilla on korkein rikastettu ilmentymä luuytimessä. ”Kudosjakauma” kuvaa transkriptiohavaintoa (NX?1) luuytimessä sekä kaikissa muissa kudoksissa. ”mRNA (kudos)” osoittaa luuytimessä olevan transkriptiotason NX-arvoina. ”Kudosten erityispiirteet pisteet (TS)” vastaa fold-vaihtaa ilmaisun tasolla luuytimen ja kudosta, jolla on toiseksi korkein ilmaisun tasolla.,

Gene	Description	Tissue distribution	mRNA (tissue)	Tissue specificity score
CTSG	cathepsin G	Detected in many	450.3	19
OR10Z1	olfactory receptor family 10 subfamily Z member 1	Detected in single	12.,1	17
DEFA1B	defensin alpha 1B	Detected in some	734.0	15
MPO	myeloperoxidase	Detected in some	315.2	15
GYPA	glycophorin A (MNS blood group)	Detected in some	56.,9	9
RHAG	Rh associated glycoprotein	Detected in many	54.1	9
ELANE	elastase, neutrophil expressed	Detected in many	244.3	8
HBB	hemoglobin subunit beta	Detected in all	3646.,7	7
DEFA1	defensin alpha 1	Detected in some	825.5	7
DEFA4	defensin alpha 4	Detected in some	245.5	7
AZU1	azurocidin 1	Detected in some	238.2	7
HBD	hemoglobin subunit delta	Detected in many	233.,7	7

Proteiini geenien kohonnut luuytimen

perusteellinen analyysi geenien kohonnut luuytimen käyttää vasta-aine -pohjainen proteiini profilointi antoi meille mahdollisuuden visualisoida ilmaisun malleja näiden proteiinien.

luettelo kohonnut geenit (n=534) on hyvin linjassa toiminnan luuytimen, koska se sisältää yliedustus proteiineja liittyy immuunivasteen, leukosyyttien migraation ja hengitystä., Niistä geeneistä, joilla on eniten rikastettua ilmentymistä luuytimessä (Taulukko 2), Viisi koodaa proteiineja, joilla on tunnettuja tehtäviä neutrofiileissä ja monosyyteissä (AZU1, CTSG, DEFI4, ELANE ja MPO). Kaksi muuta kohonnut proteiineja koodataan lymfosyyttien (DEFA1, DEFA1B) ja neljä geenit koodaavat proteiineja punasolujen toiminto (HBB, HBD; sekä hemoglobiini proteiineja, GYPA, luontainen kalvo proteiini ja RHAG, ajattelin olla osa kalvo kanava, joka kuljettaa ammonium-ja hiilidioksidi)., Sekä neutrofiilien ja punasolujen saavuttaa sukukypsyyden luuytimessä ja vapautuu verenkiertoon kuin effector soluja, jotka on varustettu tarvittavat proteiinit niiden erikoistoimintoja. Näin ollen luuytimessä tapahtuu suuri määrä vastaavien geenien transkriptiota, mikä selittää niiden suuren TS-pistemäärän taulukossa 2.

Proteiinit rikastettua ilmaisun granulosyyttien

Lisäksi hoitoon ei pidä siirtyä solujen ja trombosyytit, polymorphonuclear leukosyytit soluja, ja erityisesti solujen ja neutrofiilien linjaa, muodostavat enemmistön verta muodostavien solujen luuytimessä., CTSG (katepsiini G) ja DEFENSIINI 4 (Defensiini alpha 4) ovat kaksi luuytimessä olevaa kohonnutta geeniä. Niiden tiedetään ilmentyvän neutrofiileinä ja osallistuvan bakteerien torjuntaan. PRTN3 (Proteinaasi-3), neutrofiilien seriiniproteaasi (Täydennetään) eroaa kahdesta muusta Tukiohjelmien (CTSG ja IZOLA) toimivuutta. Esimerkki on, että proteinaasi-3 toimii myös palautetta säädin myelooinen eriyttäminen. Proteiini profiileja CTSG, PRTN3 ja DEFA4 vahvaa värjäys granulosyyttien.,

CTSG
PRTN3
DEFA4

Proteiinit rikastettua ilmaisun monosyyttien

granulosyytti syöttösoluista ja agranulocytic makrofagit ovat läsnä pienempi määrä kuin neutrofiilien luuytimessä. MCEMP1, melko uncharacterized geeni löytyi koodata single-pass läpäisevä proteiini, ilmaisi ihmisen mast cell, näyttää ryhmä rikastettu ilmaisun luuytimen, sekä keuhko-ja lisäys. RNA-seq data tukee immunohistokemia, positiivisuus vuonna osajoukkoja soluja luuytimessä ja lisäyksen, sekä keuhkorakkuloiden makrofagien keuhkoissa.,

MCEMP1 – luuytimen
MCEMP1 – keuhko
MCEMP1 – liite

Geenien ilmentyminen jaettu luuytimen ja muiden kudosten

On olemassa 135 ryhmä rikastettu geenit ilmaistu luuytimen. Ryhmä rikastettu geenit ovat määritelty geenit osoittaa 4-kertainen keskimääräiseen mRNA ilmaisun ryhmä 2-5-kudosten, kuten luuytimen, verrattuna kaikkiin muihin kudoksiin.,

jotta voitaisiin havainnollistaa liittyvät luuytimen kudoksen muiden kudosten tyypit, verkko juoni oli luotu, näytetään määrä geenejä, joissa on jaettu ilmaisun eri kudosten tyyppejä.

Kuva 2. Interaktiivinen verkon juoni luuytimen rikastettu ja ryhmä rikastettu geenejä kytketty niiden rikastettu kudosten (harmaa piireissä). Punaiset solmut edustavat luuydinrikasteisten geenien määrää ja oranssit solmut edustavat ryhmärikasteisten geenien määrää., Punaisten ja oranssien solmujen koot liittyvät solmussa näkyvien geenien määrään. Jokainen solmu on klikattava ja tulokset lista kaikki rikastettu geenien yhteydessä korostetut reunat. Verkko on rajoitettu ryhmä rikastettu geenien yhdistelmiä jopa 3 kudoksiin, mutta tuloksena luettelot osoittavat, täydellinen ryhmä rikastettu geenien tietyssä kudoksessa.,

Yksi ryhmä rikastettu geenien luuytimen löytyi kaksi geeniä, S100A12 (S100 kalsiumia sitova proteiini A12) ja IGLL1 (Immunoglobuliini lambda kuten polypeptidi 1) näyttö rikastettu ilmaisun imukudoksen ja kivesten atrofiaa, vastaavasti. S100A12 on melko hyvin tunnettu kalsiumia sitovan proinflammatoristen proteiinien konstitutiivisesti sekä neutrofiilien ja makrofagien, ja erittyy aktivoitujen neutrofiilien., Immunohistokemiallinen värjäys S100A12 on yhdenmukaiset RNA-seq-data ja kirjallisuus, osoittaa vahva positiivisuus luuytimen ja perifeerisen imukudoksissa.

S100A12 – luuytimen
S100A12 – perna

IGLL1 on vähemmän tunnettu geeni, joka näyttää koodata proteiinia ilmaistu pre-B-solujen ja pro-B-solut. Immunohistokemia näyttää sytoplasmavärjäystä luuytimessä ja kiveksissä, mitä tukevat RNA-seq-tiedot.,

IGLL1 – luuytimen
IGLL1 – kives

tärkeimmät toiminnot luuytimen on ylläpitää jatkuvaa tasoilla eri verisolujen tyypit ääreisverenkierron, eli tuottaa punasolujen, valkosoluja ja verihiutaleita. Luuydin edistää myös ikääntyneiden punasolujen hajoamista yhdessä maksan ja pernan kanssa.

luuytimen histologia

luuytimen on jaettu punainen ja keltainen alueiden aiheuttama suurin osa on joko veren-rikas (punainen) tai rasva-rikas (keltainen) kudosta., Punainen luuydin koostuu erittäin vascularized tukikudosten verkko, joka sisältää pluripotenttien ja sitoutunut kantasoluja kaikki hematopoieettisten suvusta, eli erytrosyytit, leukosyytit, trombosyytit. Kun erytrosyytit ja leukosyytit kehittyä vaiheissa esiasteita, trombosyytit, pieni veren solujen palasia mukana hyytymistä, ovat peräisin jättiläinen luuytimen soluja kutsutaan megakaryosyyttejä. Sen sijaan, keltainen luuydin sisältää mesenkymaaliset kantasoluja, jotka erilaistuvat useita tukikudosten suvusta, kuten kondrosyyteissä, osteoblastit, fibroblastien ja rasvasolut.,

syntymähetkellä ja noin seitsemänvuotiaaksi asti kaikki ihmisen luuydin on punainen, sillä uuden verenmuodostuksen tarve on suuri. Rasvakudos, joka vähitellen korvaa punainen luuydin, joka aikuisilla on pääasiassa löytynyt litteä luita, kuten nikamien, suoliluu, rintalastan ja kallon sekä epifyysilevyjen päät pitkien luiden käsivarsien ja jalkojen.

Kuva 3. Kaavamainen näkymä luuydinkudoksesta. Attribution: By Mysid, via Wikimedia Commons., Lähde

ihmisen luuytimen histologia, mukaan lukien yksityiskohtaiset kuvat ja tiedot, on katsottavissa Protein Atlas Histology Dictionaryssa.

Taustatiedot

Täällä, proteiini koodaus geenien ilmaistuna luuydin on kuvattu ja tunnettu, yhdessä esimerkkejä immunohistochemically värjätään kudosleikkeiden, että visualisoida vastaavan proteiinin ilmentyminen malleja geenejä, joilla on kohonnut ilmaisun luuytimessä.,

Transkriptio profilointi perustuu yhdistelmä kolmesta transcriptomics aineistot (HPA, GTEx ja FANTOM5, mikä vastaa yhteensä 483 näytteet 37 eri ihmisen normaalin kudoksen tyypit. Lopullinen konsensus normalisoitu ilmaisu (NX) arvo kunkin kudoksen tyyppi oli käytetty luokitus kaikkien geenien mukaan kudos-erityinen ilmaisu kahteen eri ryhmään, jotka perustuvat erityisyys tai jakelu.

relevantit linkit ja julkaisut

Uhlén m ym., Kudospohjainen kartta ihmisen proteomista. Tiede (2015)
PubMed: 25613900 DOI: 10.,1126 / tiede.1260419
Yu NY et al., Täydentää kudoksen luonnehdintaa integroimalla transcriptome-profiloinnin ihmisen Proteiiniatlaksesta ja FANTOM5-konsortiosta. Nukleiinihapot Res. (2015)
PubMed: 26117540 DOI: 10,1093/nar/gkv608
Fagerberg L et al. Analyysi ihmisen kudos-erityinen lauseke, jonka genomin laajuinen integrointi transcriptomics ja vasta-pohjainen proteomiikka. Mol Cell Proteomics. (2014)
PubMed: 24309898 DOI: 10.1074/mcp.M113. 035600
Andersson s et al., Transcriptomic ja proteomic Maisemat luuytimen ja toissijaisten imukudosten. PLoS Yksi., (2014)
PubMed: 25541736 DOI: 10.1371/lehti.pone.0115911

histologia sanakirja – luuydin