vaikka synnynnäistä Hornerin oireyhtymää voi periytyä suvuissa, siihen liittyviä geenejä ei ole tunnistettu. Horner oireyhtymä, joka näkyy jälkeen vastasyntyneen aikana (hankittu Horner oireyhtymä), ja useimmissa tapauksissa synnynnäinen Horner oireyhtymä aiheuttaa vahinkoa hermoja kutsutaan kohdunkaulan sympathetics. Nämä hermot kuuluvat osa hermostoa, joka ohjaa tahdosta riippumattomia toimintoja (autonominen hermosto). Autonomisen hermoston sisällä hermot ovat osa sympaattista hermostoa., Kohdunkaulan sympaattiset hermot ohjaavat useita silmän ja kasvojen toimintoja, kuten pupillin laajentumista ja hikoilua. Näiden hermojen toiminnan ongelmat aiheuttavat Hornerin oireyhtymän merkkejä ja oireita. Horner oireyhtymä, joka ilmenee hyvin varhain voi johtaa iris heterochromia koska kehitys pigmentti (väritys) iiris on valvonnassa kohdunkaulan sympaattinen hermoja.,

Vahinkoa kohdunkaulan sympaattinen hermoja voi aiheuttaa suoraa vahinkoa hermoja itse, joka voi olla seurausta trauma, joka saattaa ilmetä aikana vaikea synnytys, leikkaus tai tapaturma. Hermoja, jotka liittyvät Horner oireyhtymä voi myös olla vaurioitunut hyvänlaatuisia tai syöpä kasvain, esimerkiksi lapsuuden syöpä hermo kudosten kutsutaan neuroblastooma.,

Horner oireyhtymä voi johtua myös ongelmia valtimo, joka toimittaa verta pään ja kaulan (kaulavaltimon) vaikuttaa puolella, aiheuttaen veren virtausta hermoja. Jotkut yksilöt, joilla on synnynnäinen Horner oireyhtymä on kehityksen puute (agenesis) kaulavaltimon. Repiminen kerrosten kaulavaltimon valtimon seinään (kaulavaltimon dissektio) voi myös johtaa Horner oireyhtymä.

Hornerin oireyhtymän merkkejä ja oireita voi esiintyä myös migreenipäänsäryn aikana., Kun päänsärky on poissa, myös Hornerin oireyhtymän merkit ja oireet häviävät yleensä.

Jotkut ihmiset, joilla Horner oireyhtymä ei ole tunnettu ongelma, joka johtaisi hermovaurio eikä mitään historian häiriö heidän perheensä. Näitä tapauksia kutsutaan idiopaattiseksi Hornerin oireyhtymäksi.