Inkvisitio huipussaan
grand inquisitor toiminut johtaja Inkvisitio Espanjassa. Kirkollinen toimivalta, jonka hän oli saanut Vatikaanilta, valtuutti hänet nimeämään varajäseniä ja kuulemaan vetoomuksia. Valituksista päättäessään suurta inkvisiittoria avustivat viiden jäsenen neuvosto ja konsultit. Kaikki nämä virat täytettiin hallituksen ja suuren inkvisiittorin välisellä sopimuksella., Erityisesti Filippos II: n hallituskaudella (1556-98) tapahtuneen uudelleenjärjestelyn jälkeen neuvosto siirsi laitoksen tehokkaan valvonnan yhä enemmän siviilivallan käsiin. Klemens VII: n (1523-34) paaviuden jälkeen Inkvisitio tuomitsi ajoittain pappeja ja piispoja. Käytännössä Espanjan inkvisitio muistutti paljon keskiaikaista inkvisitiota. Ensimmäinen grand inquisitor Espanjassa oli Dominikaaninen Tomás de Torquemada; hänen nimensä tuli synonyymi julmuus ja fanaattisuus liittyvät Inkvisitio., Torquemada käytti kidutusta ja menetetyksi tuomitsemista terrorisoidakseen uhrejaan, ja hänen menetelmänsä olivat peräisin ajalta, jolloin oikeusprosessi oli suunnitelmallisesti julma. Tuomitseminen syytetty tapahtui auto-da-fé (portugali: ”uskon teko”), kehittää julkisen ilmaisun Inkvisition valtaa. Tuomitut esiteltiin suuren yleisön edessä, johon kuului usein kuninkaallisia, ja oikeudenkäynneissä oli rituaalinomainen, lähes juhlava, laatu., Määrä polttamista roviolla aikana Torquemada on hallintaoikeus oli liioiteltu Protestanttinen kriitikot Inkvisitio, mutta se on yleensä arvioitu olleen noin 2000.
Klo Torquemada kehotuksesta, Ferdinand ja Isabella antanut määräyksen, että 31. Maaliskuuta 1492, jolloin espanja Juutalaiset valinta maanpaossa tai kaste; seurauksena, on yli 160000 Juutalaiset karkotettiin Espanjasta. Francisco, kardinaali Jiménez de Cisneros, edisti muslimien tukahduttamista samalla innolla kuin Torquemada oli kohdistanut juutalaisiin. Vuonna 1502 hän määräsi kielto Islamin Granada, viimeinen Muslimien valtakunnat Espanjassa laskevan Reconquista. Muslimien vaino kiihtyi vuonna 1507, kun Jiménez nimettiin suurkvisiittoriksi., Valencian ja Aragonian muslimit joutuivat pakkokäännytykseen vuonna 1526, minkä jälkeen Islam kiellettiin Espanjassa. Inkvisitio kiinnitti silloin huomionsa Moriscoihin, espanjalaisiin muslimeihin, jotka olivat aiemmin hyväksyneet kasteen. Ilmaisuja Morisco kulttuuri oli kiellettyä Philip II vuonna 1566, ja kolmen vuoden kuluessa, vaino, jonka Inkvisitio antoi tapa avata sodankäynnin välillä Moriscos ja espanjan kruunun. Moriscot ajettiin Granadasta vuonna 1571, ja vuoteen 1614 mennessä noin 300 000 oli karkotettu kokonaan Espanjasta.,
Kun Uskonpuhdistus alkoi tunkeutua Espanja, suhteellisen harvat espanjan Protestantit olivat eliminoitu Inkvisitio. Ulkomaalaiset, joiden epäillään edistäneen protestanttista uskontoa Espanjassa, kohtasivat yhtä väkivaltaisia tarkoitusperiä., Ottaa poistettu pitkälti maan Juutalaiset ja Muslimit—samoin kuin monet entiset jäsenet niitä uskontoja, jotka olivat kääntyneet Kristinuskoon—espanjan Inkvisitio kiinnittänyt huomiota näkyvästi roomalaiskatolisia. Pyhä Ignatius Loyolalainen pidätettiin kahdesti harhaoppisuudesta epäiltynä, ja Toledon arkkipiispa, Dominikaaninen Bartolomé de Carranza, oli vangittuna lähes 17 vuotta., Nimellisesti Kristilliset ryhmät, jotka poikkesivat Inkvisitio on ortodoksisuus, kuten seuraajia mystinen Alumbrado liikkeen ja kannattajia Erasmianism (hengellistynyt Kristillinen vakaumus vaikuttaa opetuksia humanisti Desiderius Erasmus), alistettiin intensiivistä vaino koko 16-ja 17-luvulla.