Inkvisitionen på sit højeste

storinkvisitoren fungeret som leder af Inkvisitionen i Spanien. Den kirkelige jurisdiktion, som han havde modtaget fra Vatikanet, bemyndigede ham til at navngive stedfortrædere og høre appeller. Ved afgørelsen af appeller blev storinkvisitoren bistået af et råd bestående af fem medlemmer og af konsulenter. Alle disse kontorer blev besat efter aftale mellem regeringen og storinkvisitoren., Rådet, især efter omorganiseringen under Philip II ‘ s regeringstid (1556-98), satte institutionens effektive kontrol mere og mere i hænderne på den civile magt. Efter Clement VII ‘ s pavedømme (1523-34) blev præster og biskopper til tider dømt af Inkvisitionen. I proceduren den spanske inkvisition var meget ligesom den middelalderlige inkvisition. Den første storinkvisitor i Spanien var Den Dominikanske Tom des de Tor .uemada; hans navn blev synonymt med den brutalitet og fanatisme, der var forbundet med inkvisitionen., Tor .uemada brugte tortur og konfiskation til at terrorisere sine ofre, og hans metoder var et produkt af en tid, hvor retsproceduren var grusom ved design. Den anklagedes domfældelse fandt sted på auto-da-f. (portugisisk: “troens handling”), et detaljeret offentligt udtryk for inkvisitionens magt. De fordømte blev præsenteret for en stor skare, der ofte omfattede royalty, og sagen havde en ritualiseret, næsten festlig kvalitet., Antallet af forbrændinger på bålet under Tor .uemadas embedsperiode blev overdrevet af protestantiske kritikere af Inkvisitionen, men det anslås generelt at have været omkring 2.000.

på Tor .uemadas opfordring udstedte Ferdinand og Isabella en edikt den 31.marts 1492, hvilket gav spanske jøder valget mellem eksil eller dåb; som et resultat blev mere end 160,000 jøder udvist fra Spanien. Francisco, kardinal Jimnene.de Cisneros, fremmede undertrykkelsen af muslimer med den samme iver, som Tor .uemada havde rettet mod jøder. I 1502, beordrede han forbuddet af Islam i Granada, den sidste af de Muslimske riger i Spanien til at falde til Reconquista. Forfølgelsen af muslimer fremskyndet i 1507 når Jimnene.blev opkaldt grand in .uisitor., Muslimer i Valencia og Aragon blev udsat for tvungen konvertering i 1526, og Islam blev efterfølgende forbudt i Spanien. Inkvisitionen viet derefter sin opmærksomhed til Moriscos, spanske muslimer, der tidligere havde accepteret dåb. Udtryk for Morisco-kultur blev forbudt af Philip II i 1566, og inden for tre år gav inkvisitionens forfølgelse plads til åben krigsførelse mellem Moriscos og den spanske krone. Moriskoerne blev drevet fra Granada i 1571, og i 1614 var omkring 300.000 blevet udvist helt fra Spanien.,

Da Reformationen begyndte at trænge ind i Spanien, de relativt få spanske Protestanter blev elimineret af Inkvisitionen. Udlændinge, der mistænkes for at fremme protestantiske trosretninger i Spanien mødte lignende voldelige ender., Efter stort set at have renset landet for Jøder og muslimer—såvel som mange tidligere medlemmer af de trosretninger, der havde konverteret til kristendommen—vendte den spanske inkvisition sin opmærksomhed mod fremtrædende romersk-katolikker. Sankt Ignatius af Loyola to gange blev arresteret på mistanke om kætteri, og ærkebiskoppen af Toledo, den Dominikanske Bartolomé de Carranza, blev fængslet i næsten 17 år., Nominelt Kristne grupper, der afviger fra Inkvisitionen er ortodoksi, sådan som tilhængere af den mystiske Alumbrado bevægelse og tilhængere af Erasmianism (en spiritualized Kristne tro system påvirket af de lærdomme, humanistiske Desiderius Erasmus), blev udsat for en intens forfølgelse i hele 16 og i det 17.århundrede.