Coagulase-test er den mest pålidelige metode til identifikation af Staphylococcus aureus. Koagulaseproduktion kan detekteres ved hjælp af enten slide coagulase test (SCT) eller tube coagulase test (TCT)., Slide coagulase registrerer bundet koagulase (også kaldet “klumpfaktor”) , som reagerer direkte med fibrinogen i plasma, hvilket forårsager hurtig celleagglutination. Negative isolater efter SCT kræver bekræftelse med den overlegne TCT, da stammer, der mangler klumpfaktor, normalt producerer fri koagulase. Rørkoagulase detekterer udskilt ekstracellulær fri koagulase, der reagerer med et stof i plasma kaldet “koagulase-reagerende faktor” (CRF) for at danne et kompleks, som igen reagerer med fibrinogen til dannelse af fibrin (blodproppen) ., Stammer af koagulase-positive-dyr stafylokokker er blevet isoleret fra humane kliniske prøver, men nogle dyr stafylokokker isolerer også mannitol . Denne undersøgelse vurderede præstationen af TCT ‘ er, DNase og MSA, de fænotypiske metoder, der almindeligvis anvendes til identifikation af Staphylococcus aureus.
Påvisning af Staphylococcus aureus med de tilgængelige fænotypiske test
PCR-amplifikation af nuc gen, som blev brugt som en baseline test, fundet 32 Staphylococcus aureus af 60 stafylokokker isolater, se tabel 2., Af de 32 nuc-positive Staphylococcus aureus isolater, MSA registreret det højeste antal isolater (30, 32, 94%), mens TCT (menneskelige og får plasma-henholdsvis) registreret 29 og 27 af 32 isolater (91% og 84% henholdsvis), tabel 2. DNase detekterede det mindste antal isolater (24 af 32, 75%).
Ni af de 32 nuc-positive Staphylococcus aureus isolater (28%) var coagulase negative, hvilket betyder, at nogle af isolater kan være fejlidentificerede med den TCT som en eneste test. Den koagulase-negative Staphylococcus aureus kan sandsynligvis være MRSA-isolater , der rapporteres at reagere svagt eller negativt med TCT ‘ er, eller sjældne Staphylococcus aureus-stammer, der rapporteres at være koagulase-negative . To Staphylococcus aureus-isolater (6%) var også MSA-negative., Shittu et al rapporterede også mannitol negativ Staphylococcus aureus, der var methicillinresistent . Endvidere var otte af de 32 nuc-positive Staphylococcus aureus-isolater DNase-negative (25%). Rao et al rapporterede DNase negativ Staphylococcus aureus, men uden forklaring på disse fund . Seks stafylokokker bortset fra de nuc-bekræftede Staphylococcus aureus-isolater producerede gule kolonier på MSA, og lignende fund blev rapporteret af andre efterforskere . Et andet sjældent fund i denne undersøgelse var et isolat, der var DNase-positivt, men MSA-negativt og rørkoagulase-negativt (dvs ., ikke-Staphylococcus aureus). Vi formoder, at dette isolat kunne have været Staphylococcus schleiferi subsp. coagulans, som ifølge den nationale standardmetode også er DNase positiv .
enkelt fænotypiske tests er ineffektive til identifikation af Staphylococcus aureus
Vi brugte følsomhed og specificitet til at evaluere udførelsen af individuelle tests til påvisning af Staphylococcus aureus., Vækst på MSA var den mest følsomme (94% sensitivitet), efterfulgt af TCT (menneskelige og får plasma, 91% og 81% følsomhed, henholdsvis), mens DNase test var den mindst følsomme (75% følsomhed). Omvendt, DNase test var den mest specifikke (96% specificitet) efterfulgt af MSA (79% specificitet), mens TCT (humant plasma og får plasma), der var den mindst specifikke (11% og 7%, henholdsvis), tabel 3. Samlet set af de undersøgte individuelle tests var vækst på MSA den bedste til at identificere Staphylococcus aureus (94% følsomhed og 79% specificitet)., Vores resultater adskiller sig lidt fra Han et al, der rapporterede følsomhed og specificitet på henholdsvis 76.5% og 99.6% for MSA . D ‘ sou .a et al, rapporterede også følsomhed på 71%, lidt lavere end vores . MSA ‘ s høje følsomhed ved påvisning af Staphylococcus aureus kan skyldes dets evne til at isolere patogene Staphylococcus aureus, idet koagulase-negative stafylokokker differentieres fra koagulase-positive stafylokokker.,
For rør coagulase, humant plasma, der var mere følsomme end får plasma (91% mod 81% følsomhed), der indebærer, at den bruger får plasma med TCTs kan registrere flere falsk negative isolater. I denne indstilling er det derfor usandsynligt, at fårplasma erstatter humant plasma til rutinemæssige TCT ‘ er., Vores data er i overensstemmelse med tidligere fund, hvor følsomhed på 94-100% blev rapporteret af andre efterforskere . Dog, i denne undersøgelse, følsomhed over for menneskelige og får plasma-var højere end hvad der blev rapporteret i andre sammenhænge, hvor værdier så lave som 54.5% (humant plasma) og 45.5% (får plasma) blev rapporteret . Derfor varierer plasmapræstationen med indstilling ved koagulaseprøver, og valget af plasma kan påvirke testens effektivitet. Anvendelsen af EDTA eller citrat som antikoagulant påvirker også testens ydeevne., Bemærkelsesværdigt påvirker citrat kun koagulasereaktioner af enterokokker, hvor det anvendes , men påvirker ikke koagulaseproducerende organismer som Staphylococcus aureus.
DNase-testen havde en følsomhed på 75% og en specificitet på 96%, som kan sammenlignes med andre undersøgelser, hvor en følsomhed på 75% og en specificitet på 100% blev rapporteret . I denne undersøgelse var DNase-testen den mest specifikke af alle test og havde det mindste antal falske positive isolater (der var kun en falsk positiv)., Dette var i overensstemmelse med andre rapporter, hvor DNase-testen blev rapporteret som bedre end TCT . Væksten på MSA var også meget specifik (79% specificitet), mens den mindst specifikke test var rørkoagulasen (human-og fårplasma, henholdsvis 11% og 7% specificitet).
i modsætning hertil rapporterede andre undersøgelser høj specificitet (93, 6%) for humant og fårplasma med TCT ‘ er ., Den lave specificitet i vores undersøgelse kan dels være på grund af manglende specifik påvisning af andre coagulase positive stafylokokker, som Staphylococcus schleiferi underarter coagulans, Staphylococcus delphini, Staphylococcus intermedius og Staphylococcus hyicu s. Staphylococcus delphini og Staphylococcus intermedius er sjældne kliniske isolater, mens Staphylococcus hyicu s er ubestemt (med prævalens, der spænder fra 11% til 89% ). Forekomsten af disse isolater kan være høj i visse indstillinger., Selvom MSA og DNase havde høje specificiteter og følsomheder, som individuelle tests, deres anvendelse i rutinemæssig identifikation af Staphylococcus aureus begrænses af deres evne til at detektere andre bakterielle isolater , og bruges for det meste under indledende skærme . Ja, Mannitol, salt positive Ulemper (Staphylococcus caprae, S. hemolyticus og S. saprophyticus) er blevet rapporteret i Nigeria og Japan ., Dermed, i visse indstillinger, hvis de bruges individuelt til at identificere Staphylococcus aureus, almindelige fænotypiske test kan være utilstrækkelige; nogle isolater vil blive fejlagtigt, enten som Staphylococcus aureus eller ulemper.
En kombination af MSA og DNase forbedrer rør coagulase-test
Vi derefter evalueret sensitivitet og specificitet af testen kombinationer (dvs MSA/DNase/TCT) ved påvisning af Staphylococcus aureus, der sigter mod at forbedre ydelsen af TCT., Vi opnåede absolut specificitet (100%) ved påvisning af Staphylococcus aureus med testkombinationer med undtagelse af DNase/MSA-kombinationen (92% specificitet). Omvendt, følsomheden af test kombinationer varieret, med MSA/DNase/TCT (humant plasma) er det mest følsomme (75% følsomhed), mens MSA/DNase/TCT (får plasma), der var den mindst følsomme (25% følsomhed), tabel 3.
en kombination af MSA / DNase resulterede i specificitet og følsomhed på henholdsvis 92% og 96%, og dette ville være den valgte kombination til identifikation af Staphylococcus aureus., Da begge test imidlertid ikke er specifikke for Staphylococcus aureus og kan påvise andre bakterielle isolater, kan den dobbelte kombination kun bruges til at forbedre TCT. Selvom andre testkombinationer-MSA/DNase/TCT (humant plasma) og MSA / TCT (humant plasma) havde specificitet på 100%, havde de varierende følsomhed (henholdsvis 75% og 33%). I denne linje, en kombination af MSA/DNase/TCT (humant plasma) er bedre til identifikation af Staphylococcus aureus (100% specificitet, 75% følsomhed) end MSA/TCT (humant plasma) kombination (100% specificitet, 33% følsomhed)., Ligeledes havde kombinationerne DNase/TCT (sheep plasma) og MSA/TCT (sheep plasma) og MSA/DNase/TCT (sheep plasma) en absolut specificitet (100%), men med varierende følsomhed (henholdsvis 50%, 25% og 67%).
således kan effektiviteten af rørkoagulasen forbedres ved samtidig test, der inkluderer både DNase og MSA. For højere følsomhed og specificitet kan efterfølgende identifikation af Staphylococcus aureus begynde med MSA, DNase og derefter TCT. Bemærkelsesværdigt ændrede den forbedrede specificitet af TCT ikke signifikant den oprindeligt observerede høje følsomhed., Brug af MSA før TCTs / DNase anbefales stærkt på grund af den klumpende faktor negativ og rørkoagulase positive stafylokokker, der i stigende grad genvindes fra humane infektioner. Disse isolater producerer også en varmestabil DNase og kan fejlagtigt identificeres som Staphylococcus aureus. Disse stammer kan imidlertid differentieres fra Staphylococcus aureus ved deres manglende produktion af syre fra maltose, lactose og mannitol. Endvidere sjældne stammer af Staphylococcus aureus kan være coagulase negative , men dyr isolater (S. intermidius, S. hyicus, S. delphini og S. schleiferi subsp., koagulaner) kan være rørkoagulase positiv ; differentiering af disse kræver også vækst på MSA.
prædiktive værdier
vækst på MSA havde den højeste negative forudsigelsesværdi (NPV) efterfulgt af DNase, mens rørkoagulase havde den laveste NPV (som ikke stemte overens med den oprindeligt observerede høje følsomhed, se tabel 3). Omvendt gav testkombinationer absolutte NPV ‘ er (100%) med undtagelse af DNase/MSA (NPV på 92%), tabel 3., Testkombinationernes høje NPV ‘ er, især dem, der involverer TCT, afslører, at testkombinationer pålideligt kan anvendes til rutinemæssig identifikation af Staphylococcus aureus. DNase havde den højeste positive prædiktive værdi (PPV) efterfulgt af MSA (henholdsvis 96% og 83%). Omvendt resulterede rørkoagulase alene i gennemsnitlige PPV ‘ er (54% og 50%), Se tabel 3. Interessant nok resulterede testkombinationer i høje PPV ‘er, hvor de, der involverede DNase, havde de højeste PPV’ er (95%), se tabel 3., Hvad angår NPV ‘er, kan TCT’ s specificitet forbedres ved samtidig identifikation af isolaterne med DNase og MSA.
derfor kræver den ideelle identifikation af Staphylococcus aureus kliniske isolater et batteri af test. Staphylococcus aureus infektioner er hyppigere end dem af andre bakterier, især i Indstillinger med høj HIV/AIDS prævalens . Dette garanterer korrekt identifikation af isolaterne for at opnå bedre behandlingsresultater., Da muligheder for forbedring af følsomhed og specificitet præsenteres, vil disse data forbedre identifikationen af stafylokok aureus i kliniske prøver.
Anbefalinger
For rutine identifikation af Staphylococcus aureus fra kliniske prøver, anbefaler vi, at samtidig brug af alle tre tests (begyndende med en vækst på MSA -, DNase og Rør coagulase) i indstillinger, hvor kanin eller en hest plasmaer er ikke umiddelbart tilgængelige., Screening af plasmaer fra andre arter (såsom kanin, ged, svin og kvæg), som kan være billigere og sikrere, og rapporteret til at være mere effektiv end humant plasma med TCTs, anbefales. Hertil kommer, at genotypebestemmelse af kliniske stafylokokker isolater anbefales at speciate Ulemper isolater, og til at bestemme udbredelsen af sjældne Staphylococcus aureus og dyr isolater i humane prøver i Uganda.