založil Tenisové Akademie Mouratoglou v roce 1996 poblíž Paříže (později přesídlila na předměstí Nice), a trénoval mnoho up-a-příchod hráčů, včetně Marcos Baghdatis (koho trénoval na finále Australian Open 2006), Julia Vakulenko, Anastasia Pavlyuchenkova, Aravane Rezaï, Jérémy Chardy, Laura Robson, Yanina Wickmayer a Grigor Dimitrov.

Mouratoglou začal trénovat hráče ATP Marcos Baghdatis v roce 1999, kdy ho Mouratoglou pozval na svou tenisovou akademii v říjnu 1999 na týdenní bázi., Baghdatis byl, podle Mouratoglou, „není sportovec vůbec“, však do sedmi let by se stal junior world No. 1, win 2003 Australian Open chlapecké název, do finále stejného turnaje v roce 2006 a dosáhnout světové desítce.

v červenci 2007 začal trénovat Anastasii Pavlyuchenkovou. Během dvou let, Pavlyuchenkova dosáhl světové top 30 a od té doby udělal dva grandslamové čtvrtfinále a dosáhla kariéru-vysoký ranking of world No. 13. Svou asociaci ukončili v srpnu 2009 a Mouratoglou se přesunul na trénování Aravane Rezaï a Yaniny Wickmayerové., Rezaï si užil úspěšnou sezónu 2010, vstupu do světové top 20 a vítězství v Premier event v Madridu, zatímco Wickmayer dosáhl kariéru-vysoký ranking of world No. 12 v dubnu 2010. Mouratoglou přestal spolupracovat jak s Rezaï, tak s Wickmayerem v srpnu 2010 a v dubnu 2012.

V prosinci 2010, Mouratoglou začal trénovat Laura Robson, která byla world No. 217 v době, a stále snaží proniknout do senior tour., Spolu pracovali půl roku, než se krátce před Wimbledonem v roce 2011 rozešli, když se Robson stále snažil dosáhnout jakéhokoli pokroku na WTA Tour, poté, co sklouzl dále na světové číslo 257. Během stejného období Mouratoglou také trénoval Jérémy Chardy v rámci své akademie.

V březnu 2012 začal Mouratoglou trénovat Grigora Dimitrova a začal ho navádět zpět do světové top 100, když v době, kdy začal, klesl na Číslo 102. Toto sdružení skončilo v září téhož roku a Mouratoglou přešel k jeho současné práci, výhradně koučování Serena Williams.,

v době, kdy Mouratoglou začal trénovat Williams, že právě utrpěl její vůbec první úvodním kole porazit v hlavním slosování o Grand Slam turnaje, když v prvním kole 2012 French Open. Od té doby, Mouratoglou vedl Williams jí pátý, šestý a sedmý Wimbledon titulů, Olympijské zlaté medaile, čtvrtý, pátý a šestý US Open tituly, její druhé a třetí French Open titulů, tři po sobě jdoucí rok-end mistrovství titulů, její šestý a sedmý titul Australian Open a zvedl ji zpět do světové Číslo 1 v žebříčku WTA.,

v roce 2018 začal Stefanos Tsitsipas trénovat ve svých tenisových akademiích, stejně jako trénoval Patrick Mouratoglou a jeho otec Apostolos Tsitsipas.