Poté, co studoval v PARLAMENTU od roku 1992 do roku 1995, Macfadyen se stal známý v Britské divadlo především pro jeho práci s jevištěm společnosti rovným dílem, za který hrál Antonio Vévodkyně z Malfi, Charles Povrchu ve Škole pro Skandál, a Benedicka v Mnoho Povyku pro Nic. Jeho Benedick byl hrán jako důstojník třídy Kašpar s knírem a dusivý smích. V roce 2005 hrál Prince hala v Jindřichu IV., první a dva v Královském národním divadle, s Michaelem Gambonem v roli Falstaffa., V roce 2007 se vrátil na jeviště, kde ztvárnil Američana Claye, otce s liberálním přístupem ve hře The Pain and the Itch.

TELEVIZNÍ průlom přišel, když se objevil jako Hareton Earnshaw v adaptaci na Větrné hůrce, promítán v síti ITV v roce 1998. Následovala další televizní dramatická práce, včetně hlavních rolí v dramatech Warriors (1999) a The Way We Live Now (2001), a to jak pro BBC. Také v roce 2001 získal uznání za svou hlavní roli v dramatu BBC Two serial Perfect Strangers, který napsal a režíroval Stephen Poliakoff., V roce 2002 hrál v projektu BBC drama mapující vzestup nové labouristy k moci. Hrál ve Spooks, který se stal úspěchem, když promítán na BBC One. Delší druhá sezóna byla promítána v roce 2003 a třetí sezóna byla vysílána na podzim 2004, přičemž seriál opustil ve druhé epizodě. Série byla vysílána jako MI-5 v síti a&e. V roce 2007 se objevil v jednorázovém dramatu Channel 4 Tajný život, který se zabýval kontroverzním tématem pedofilie., Macfadyen získal za tuto část cenu za Nejlepšího herce na cenách Royal Television Society 2007 a byl nominován na BAFTA. Objevil se také v krátkém náčrtu pro Comic Relief jako ženich na svatbě pana Beana, spolu s Rowanem Atkinsonem a Michelle Ryanovou.

Macfadyen se objevil ve filmech, včetně Enigma (vydáno v roce 2001), a V otcově Pracovně, za což obdržel Nový Zéland Obrazovce Award pro Nejlepšího Herce., Hrál jako romantický vedoucí Fitzwilliam Darcy v adaptaci Pride and Prejudice, vydané ve Velké Británii v září 2005.

Macfadyen hrál ve smrti Franka Oze na pohřbu a filmu Incendiary, založený na románu Chris Cleave po boku Michelle Williams a Ewan McGregor. Objevil se také ve filmu Rona Howarda Frost / Nixon, ve kterém hrál Johna Birta. V roce 2008 hrál hlavní roli Arthura Clennama v adaptaci BBC malého Dorrita Charlese Dickense., V roce 2009 Macfadyen se objevil po boku oscara nominovaná herečka Helena Bonham Carter v BBC Čtyři film Enid, založeno na životě Enid Blytonová, jako Hugha Pollocka, Blytonová je vydavatel a první manžel.

v roce 2010 hrál šerifa z Nottinghamu v Robinu Hoodovi. Hrál jako Prior Philip v televizním seriálu The Pillars of the Earth, a byl středního věku Logan Mountstuart v každém lidském srdci. V červnu 2010 získal Macfadyen British Academy Television Award za Nejlepšího herce ve vedlejší roli za svou práci v trestním soudnictví.,

v roce 2011 natočil Macfadyen Poslední portrét v pořadu BBC Spooks a v roce 2012 hrál Oblonského ve filmu Joea Wrighta Anna Karenina. V prosinci 2012 začal zobrazovat detektivního inspektora Edmunda Reida v BBC One ‚ s Ripper Street.

v letech 2013-14 hrál Jeevese v inscenaci Jeeves a Wooster v Perfect Nonsense v divadle vévody z Yorku na západním konci Londýna. Hra získala cenu Oliviera 2014 za nejlepší novou komedii.

v roce 2015 Amazon Prime zvedl Ripper Street a po dobrých recenzích byl doporučen pro čtvrtou a pátou sezónu., Macfadyen řekl, že je „potěšen, že se vydáme na další dávku Ripper Street – krev a vnitřnosti, kapesní hodinky a Viktoriánské pokrývky hlavy, nádherně tmavé, pohyblivé a tajemný příběh řádky od Pana Richarda Wardlow“. Seriál se vysílal i v USA na BBC America. Také v roce 2015 hostoval v pilotní epizodě The Last Kingdom.

v současné době hraje jako Tom Wambsgans v seriálu HBO Posloupnost, za který získal nominaci na Cenu Emmy Primetime.,

V roce 2020, on se objevil v roli Majora Charles Ingram v tři-část ITV drama, Kvíz, na základě kontroverzní kašel cheat skandál na Kdo Chce Být Milionářem v roce 2001.