Kariéru jako pedagog
Po maturitě z Moody Bible Institute, Mary si přála, aby se stal misionářem v Africe. Bylo jí však řečeno, že Afroameričanům není dovoleno zastávat takové pozice. V roce 1896 se stala instruktorkou na Presbyterian Mission School v Mayesville a později na Haines Institute v Augustě v Gruzii v letech 1896 a 1897., Zatímco ona pracovala na Kindell Ústavu v Sumpter, Jižní Karolíně, v roce 1897 a 1898, ona se setkala Albertus Bethune, s níž se později oženil a měl syna. Její oddanost vzdělávání afroamerických dětí způsobila problémy s manželstvím, nicméně, a pár se nakonec oddělil.
v roce 1904 stavba železnice na východním pobřeží Floridy přivedla do oblasti stovky Afroameričanů, kteří hledali práci. Bethune viděla potřebu vzdělání ke zlepšení života těchto lidí., Začala svou kariéru jako pedagog vážně, když si pronajala dvoupatrový dům v Daytona Beach na Floridě, a začal obtížný úkol založit školu pro afroamerické dívky. V době, kdy většina afroamerických dětí získala malé nebo žádné vzdělání, byla v říjnu 1904 zahájena literární a průmyslová škola Daytona pro výcvik černošských dívek se šesti žáky (pět dívek a její vlastní syn). Nebylo tam žádné vybavení-bedny byly použity pro stoly, dřevěné uhlí nahradilo tužky a inkoust pocházel z drcených bobulí.,
zpočátku Bethune dělala všechno sama-výuku, administrativní povinnosti, manipulaci s penězi a udržování školy v čistotě. Hledala také skládky odpadu pro předměty, které by škola mohla obnovit a použít, jako je nábytek a kusy dřeva. Později byla schopna zajistit personál, z nichž mnozí pro ni po mnoho let loajálně pracovali. Aby pomohla zaplatit za rozšíření školy, Bethune a její žáci pečeli koláče a vyráběli zmrzlinu k prodeji nedalekým stavebním dělníkům. Kromě pravidelných tříd Bethune organizovala kurzy pro děti terpentýnových pracovníků., Tímto způsobem uspokojila svou touhu sloužit jako misionář.
Jak škola v Daytoně rostla, potřebovala více peněz, aby mohla úspěšně fungovat. Bethune začala hledat dary odkudkoli mohla. V roce 1912 se zajímala o Jamese M.Gamble z Procter and Gamble Company v Cincinnati v Ohiu, který přispěl do školy a působil jako předseda správní rady až do své smrti. V roce 1923 se Bethune ‚ s school for girls spojila s Cookman Institute of Jacksonville na Floridě, školou pro chlapce., Nová škola se stala známou jako Bethune-Cookman Collegiate Institute, brzy přejmenovaná na Bethune-Cookman College. Bethune sloužil jako prezident vysoké školy až do svého odchodu do důchodu v roce 1942. Do konce svého života zůstala správcem vysoké školy. Do roku 1955 měla vysoká škola fakultu (učitele a administrativní pracovníky) sto a studentský zápis přes tisíc.