Margaret nebyla tak šťastná. Její manželství Angus nebyl dobře přijat dalších Skotských šlechticů, z nichž někteří byli žárlí na to, co vnímají jeho vzestup k moci, a frakce šlechticů, kteří podporovali Skotsko má dlouhou historii dobrých vztahů s Francií chtěl Margaret nahrazen John Stewart, Vévoda z Albany., Albany byl James IV bratranec, jeho vlastní otec Alexander Stewart, že byl synem Jakuba II a bratr James III, a měla by James IV synové umírají byl právoplatný dědic na Skotský trůn.

Albany strávil celý svůj život ve Francii a skotští šlechtici chtěli, aby se vrátil do Skotska a vedl armádu země ještě před Margaretiným druhým manželstvím., Albany přijel v roce 1515 a Markéta byla nucena předat ji regency a její dva syny, musela být strach o jejich bezpečnost, když její vlastní strýcové, Princové v Toweru, zmizely pod Richarda III péči. Albany však s Markétou zacházel s velkým respektem a nezdálo se, že by o uzurpování trůnu měl zájem.přesto se Margaret, povzbuzená svým bratrem, rozhodla uprchnout ze Skotska v létě 1515. Ona a Angus hledali útočiště u Lorda Dacre, anglického Správce pochodů, kde v říjnu porodila jejich dceru Margaret Douglasovou., Teprve když se zotavila z utrpení, porod byl, že zamířila na jih do Londýna a do dvora svého bratra, zatímco se Angus vrátil do Skotska.

Margaret zůstala v Anglii jen něco málo přes rok, dokud se Albany nevrátil do Francie, aby viděl svou rodinu, a byla přijata opatření, aby se vrátila. Jako Henryho sestra byla perfektní kandidátkou na práci v prospěch Anglie z pozice značné moci ve Skotsku., Bohužel, její mladší syn, Alexander, zemřel během její nepřítomnosti, ale Skotští lordi dohodli, že ona měla být věnována co největší přístup na Jamese, jak si přála, stejně jako její věno práva.

i Když musela být šťastný, aby se sešel se svým synem, její manželské štěstí nebylo naposledy, když se vrátila do Skotska, aby se zjistit, Angus žije s jinou ženou a pomocí Margaret peníze, aby ji udržel. Odmítla znovu žít se svým manželem a požádala o rozvod nebo zrušení., Je ironií, že Henry byl znechucen, že jeho sestra by se, že na konci jejího manželství – zejména jako Angus měl pro Anglii názory sám – a podporoval jeho bratr-in-law, spíše než ji.

Když Albany vrátil do Skotska v roce 1521, on a Margaret vyvinula tak silný pracovní vztah, že někteří lidé věřili, že měli poměr., Albany poslal Angus do Francie, a Jindřich se obával, že jeho sestra by podporu Francie vliv ve Skotsku než v Anglii, ale v roce 1523 Angus uprchl z Francie na anglickém dvoře, kde věrně sloužil Henry zájmy ve Skotsku až do královy smrti v roce 1547.

Skotských pánů, kteří proti Albany ‚ s regency byli spokojeni, když James byl prohlášen za krále v jeho vlastní pravý, na 12 let staré, spíše než 14 jako obvykle ve Skotsku v této době, aby se pravidlo s pokyny od své matky a pod dohledem rotující skupina Skotských pánů – z nichž jeden byl Angus., Albany šťastně vrátil do Francie, takže Margaret se vypořádat se svým manželem, který rozzuřilo ji, když mu odmítl předat dohledem krále na další pán a James byl v podstatě držen v zajetí svého nevlastního otce na tři roky.

Albany nadále podporoval Margaret nad Angusem, nicméně, jak během Jamesova zajetí Albany dal Margaretin případ pro zrušení vpřed v Římě. K Margaretině radosti bylo uděleno zrušení, což bylo nejlepší vzhledem k tomu, že už žila s mužem, který by se stal jejím třetím manželem, Henry Stewart, 1.Lord Methven., Přes Jamesův nesouhlas se rychle vzali, když bylo oznámeno zrušení, a bydleli ve Stirlingu, když se 16 rok starý James podařilo uniknout angusovým spárům a uprchl tam. Angus a Jamesova sestra, Margaret Douglasová, byli vyhnáni a odešli do Anglie, po které Margaret už nikdy neviděla svou dceru.